Integrando hojas de cálculo en LyX

Hace unos días recibí un correo de un lector del blog preguntado por cómo incluir en un fichero LyX los datos contenidos en una hoja de cálculo. De este modo, las modificaciones en la hoja de cálculo van a modificarse en el fichero LyX pertinentemente. Me ha parecido de gran utilidad y me ha parecido tan sencillo que no he podido evitar escribir un post al respecto. Gracias 😉

Este manual sirve tanto para hojas de calculo *.gnumeric, *.ods y *.xls pero requiere del conversor ssconvert, que está distribuído con la genial hoja de cálculo Gnumeric. Así que lo primero es instalar Gnumeric.

$ sudo apt-get install gnumeric

Seguidamente, abrimos LyX y en Insertar >> Archivo >> Material externo y seleccionamos en el diálogo la plantilla «GnumericSpreadsheet». Después sólo nos quedará añadir la ruta de nuestra hoja de cálculo y aceptar.

En el lugar del documento aparecerá un cuadro gris que corresponde a la hoja de cálculo y cuando compilemos el documento, quedará inclíuda una tabla en nuestro documento. Es cierto que presenta algunas limitaciones de formato, pero pienso que para tablas sencillas o también  preeliminares, puede venir genial. Para tener más libertad de formato, siempre podemos copiar las celdas en la hoja de cálculo y pegarlas dentro de una tabla creada con el pegado especial de LyX pulsando Ctrl + Mayus + v.

Interesante y útil tutorial. Con LyX, naturalmente.

Fuente | WikiLyX

Añadir partituras creadas con Musescore en documentos LyX

Aquí os traigo un post que gustará a los más melómanos. Se trata un tutorial para añadir partituras creadas por un magnífico programa de escritura y notación musical llamado Musescore. Está basado en un tutorial más completo que podéis encontrar en AprenderLyX.

A grandes rasgos, consiste en lo siguiente. En primer lugar editamos nuestra partitura con Musescore. Para instalarlo no deberías de tener ningún problema, pues lo puedes encontrar en los repositorios de las principales distribuciones GNU/Linux. Resulta bastante intuitivo su manejo, pero para opciones más avanzadas siempre viene bien echar mano de su manual.

Guardamos nuestra partitura en formato Lilypond y para importarla en LyX lo hacemos mediante el menú Insertar >> Archivo >> Material externo, seleccionando en el desplegable «Lilypond» y añadiendo el archivo que hemos creado.

Fuente | AprenderLyX

 

 

ClassicThesis: Instalación de esta clase de documento para tesis en GNU/Linux

En este tutorial explicaré cómo instalar en GNU/Linux la clase de documento para LaTeX y LyX  ClassicThesis., Esta está recomendada para hacerla funcionar en LyX 2.0 o superior, pero en LyX 1.6 también funciona.

Primero debemos dirigir nos a los repotorios del proyecto ClassicThesis y nos descargamos la clase, que es un fichero comprimido llamado classicthesis.v.4.1.zip. Descomprimimos el fichero,  guardamos la carpete en /usr/share/texmf/tex/latex y actualizamos el índice de paquetes LaTeX con «sudo texhash».

Descargamos la platilla para LyX en el fichero ClassicThesis-LyX-v4.1.zip, lo descomprimimos,  movemos el fichero con extensión *.layout en /home/USUARIO/.lyx/layouts y reconfiguramos LyX («lyx -x reconfigure»). Seguidamente, instalamos las fuentes que utiliza esta clase de documento «texlive-fonts-extra» (sudo apt-get install texlive-fonts-extra).

Para comprobar que está instalado, abrimos un documento nuevo y vemos si tenemos la clase «classicthesis» en el menú desplegable de Documento >> Configuración >> Clase de Documento.

Y ya debería estar funcionando. Puedes echar un vistazo al fichero de configuración que la clase trae para personalizarla.

Hasta la vista.

Bibliografía dividida por capítulos en LyX

Este es uno de los trucos que aprendí ayudando a maquetar una tesis con LyX.

Si tenemos una tesis con una clase de documento que soporta capítulos (por ejemplo «book») y después de cada uno de ellos añadimos la lista de referencias citadas, al compilar nos daremos cuenta que después de cada capítulo tenemos una lista de referencias, sí, pero la lista de TODAS las referencias citadas en el documento. A continuación explico cómo configurar LyX para aparezcan después de cada capítulo únicamente las referencias citadas en el mismo.

En primer lugar debemos descargar este script, lo hacemos ejecutable y lo guardamos en una de nuestras carpetas de binarios, es es:

$ wget http://wiki.lyx.org/uploads/BibTeX/bibtexall

$ chmod +x bibtexall

$ sudo mv bibtexall /usr/local/bin

Una vez echo esto, abrimos LyX y en el menú Herramientas >> Preferencias >> Salidas >> LaTeX >> Comandos, sustituímos «bibtex» por «bibtexall». Guardamos y aplicamos los cambios para que se mantenga la configuración cada vez que abramos un fichero nuevo.

Ahora en el preámbulo LaTeX cargamos el paquete chapterbib:

\usepackage{chapterbib}

Reiniciamos LyX y debería funcionar.

Fuente | WikiLyX

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ACTUALIZACIÓN 06/03/2013

Aquí debajo pongo el código del script por si por algún motivo el enlace que aporto no funciona.

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: iso-8859-15 -*-

# \author Juergen Spitzmueller

# This file is a wrapper on bibtex to let LyX
# process every aux file in the temp directory
# this is needed if you use chapterbib with LyX.
# Place this file somewhere in your PATH , then
# open Tools->Preferences->LaTeX in LyX and change
# the "bibtex command" from "bibtex" to "bibtexall".

import sys, os
for filename in os.listdir("."):
	if filename.endswith('.aux'):
		f = os.path.splitext(filename)[0]
		os.popen('bibtex ' + f)

Post número 1500 de Bioinformatiquillo y Ya van más de 6000 descargas del Manual LyX con «L» de LaTeX

Quién me lo iba a decir cuando el 27 de Julio de 2007 abriera este blog gracias a una idea de Rafa, más conocido como Palote, para crear un espacio donde incluir anotaciones útiles para mis comienzos como usuario de GNU/Linux y, ya de paso, que estuvieran accesibles para cualquier persona del mundo. Y más de cuatro años después aún sigue, pasando ahora una etapa de bajo número de publicaciones, pero aún vivo, divulgando y fomentando las bondades del software libre.

Y, además, este post celebra la descarga número 6000 del manual LyX con «L» de LaTeX desde el propio blog, el contenido que tiene más éxito en blog y tema en el que sin quererlo se ha convertido en una referencia para muchos usuarios. Atrás quedan muchos post, una entrevista, algún meneo, charlas, correo electrónicos y, muchas cosas que llegarán.

Por todo esto y mucho más, agradecer a todos los que os encontráis al otro lado del ordenador por todo el apoyo que recibo por mantener este blog.

Taller de presentaciones con LaTeX-Beamer en la ETSIIT UGR (II)

Aquí dejo algunos recursos útiles para la gente que quiera asistir al taller de LaTeX-Beamer que hoy se celebrará a las 11:00 en el aula 1.3 de la ETSIIT de Granada.

• Documento tex para editar durante la charla e imágenes
• Manual del proyecto LaTeX-Beamer
• Manual LyX con “L” de LaTeX
• Matriz de temas

Para poder compilar el código fuente que generemos durante la charla, es necesario tener instalada una distribución LaTeX (en GNU/Linux se instala automáticamente al instalar un editor LaTeX como LyX o Kile) asegurándonos de que tenemos el paquete LaTeX-Beamer; y un editor de LaTeX.

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ACTUALIZACIÓN 28/10/2011

Aquí dejo el tex editado

Y la salida en pdf.

Ejecutando código R con Sweave en LyX 2.0

El progreso de LyX es imparable. Una de las novedades que trae la nueva versión 2.0 de es el soporte integrado de Sweave para ejecutar código R. Para versiones 1.6 o inferiores, así era la configuración. Sin embargo, ahora se ha facilitado mucho el procedimiento.

Si tenemos instalado R, abrimos LyX 2.0 y nos vamos a Documento >> Configuración >> Módulos >> Disponibles y añadimos el módulo «Sweave». Aceptamos y en el menú de entornos tenemos al final uno denominado «Trozo» englobado en el tipo Sweave. Bajo este entorno escribiremos el código R/Sweave deseado y al compilarlo se insertará en nuestra salida PDF.

¿Ya está? Pues no os dije que era más fácil. Aquí dejo un ejemplo en formato LyX 2.0 (debéis cambiar la extensión de odt a lyx) y en PDF.

 

 

Hoy taller LyX en la ETSIIT de la UGR (IV)

En esta ocasión será a las 11:00 en el aula 1.3 de la ETSIIT (UGR), hoy martes 11 de Octubre. Va a ser bastante práctico, por lo que puede ser de utilidad este material.

• Ejercicios
• Presentación
• Manual

Os espero.

LyZ: LyX + Zotero por fin juntos para gestionar tu bibliografía

Llevo unos cuantos post dedicados a gestión bibliografía, especialmente utilizando LyX. También suelo recomendar la extensión de Firefox Zotero para crear una base de datos bibliográfica BibTeX. Durante una extensa búsqueda de nuevas referencias para tu trabajo, resulta muy incómodo estar exportando las nuevas referencias de Zotero a tu base BibTeX a través de tu gestor bibliográfico preferido y seguidamente introducirla en tu documento LyX.

Por suerte existe una extensión de Firefox llamada LyZ, que a su vez se integra en Zotero. Una vez configurado el servidor de nuestro LyX, abrimos la ventana de Zotero y debe aparecernos un botón llamado LyZ. Si pulsamos en «Settings» aparecerá una ventana donde escribir el directorio donde se aloja el servidor de LyX. Añadimos alguna cita y pulsamos en «Cite LyX». Nos pedirá o bien crear una base de datos nueva, o bien añadir una anteriormente creada de modo que cada vez que pulsemos en «Cite LyX» no solo se insertará la cita en nuestro LyX, si no que también lo hará en nuestra base de datos bibliográfica.

Un tip de gran utilidad que va derechito al manual. Espero que pronto pueda sacarlo.

Gracias a Visesen por el comentario que me hizo dar a conocer esta fabulosa extensión.

[Bioinformática] Texshade: Alineamientos de nucleótidos o proteínas en LaTeX (LyX)

Si necesitas añadir alineamientos de nucleótidos o proteínas en tu documento LaTeX, TeXShade es tu paquete. La manera de trabajar con este paquete es muy sencilla:

En el preámbulo añadimos el paquete con esta línea:

\usepackage{texshade}

En el cuerpo del documento añadimos los comandos, donde introducimos la dirección del fichero del alineamiento en formato FASTA, y seguidamente algunas características que queremos que aparezcan en la edición del alineamiento:

\begin{texshade}{/direccion/del/fichero/gb.fas}
\feature{ttop}{1}{1..528}{bar:conservation}{}
\showfeaturestylename{ttop}{conservación}
\end{texshade}

Esto es parte del resultado, en mi caso lo he combinado con el paquete landscape para que las páginas que son ocupadas por el alineamiento estén apaisadas.

Más información | Manual TeXShade