Instalar imagen de Debian (u otra distribución) en una memoria USB y formatearla después

Tras los bandazos que Ubuntu está dando desde hace 4 años vengo utilizando Debian cada vez con más asiduidad. En este tutorial vamos a hablar de cómo instalar una imagen de Debian en una memoria USB y luego formatear la memoria para volver a utilizarla normalmente.

$ wget http://cdimage.debian.org/debian-cd/7.6.0/amd64/iso-cd/debian-7.6.0-amd64-lxde-CD-1.iso

Buscamos la ruta a nuestro dispositivo con:

$ sudo fdisk -l

Una vez la conozcamos (por ejemplo, /dev/sdb),después desmontamos la partición en caso de que esté montada e instalamos la imagen en nuestro dispositivo USB con dd:

$ sudo umount /dev/sdb1
$ dd if=/ruta/debian.iso of=/dev/sdb bs=1M; sync

Así, Debian debería arrancar desde memoria USB debería estar arrancar cuando reiniciemos nuestra máquina si hemos configurado el arranque para ello.

Una vez hayamos instalado la distribución en nuestro ordenador, tal vez queramos borrar la imagen y restaurar el disposivo USB a su estado original. Borramos las particiones antiguas de la memoria USB y generamos la nueva lanzando:

$ sudo fdisk /dev/sdb

La aplicación nos hará una serie de preguntas que debemos responder así

Escribe "d" para borrar la partición.
Escribe "1" para seleccionar la parción.
Escribe "d" para borrar la otra partición (porque fdisk selecciona la segunda partición automáticamente).
Escribe "n" para crear la partición nueva.
Escribe "p" para que esta partición sea primaria.
Escribe "1" para que sea la primera partición.
Presiona "Enter" para aceptar el primer cilindro por defecto.
Presiona "Enter" otra vez para aceptar el último cilindro por defecto.
Escribe "w" para crear la nueva partición en la memoria USB.

Después desmontamos la partición y la formateamos como FAT32:

$ sudo umount /dev/sdb1
$ mkfs.vfat -F 32 /dev/sdb1

Y queda preparada nuevamente para contener nuestros datos.

Fuentes | ElBaúlDelProgramador y PendriveLinux

ssconverter: convertir hojas de cálculo con múltiples pestañas en múltiples csv

Salir del letargo para añadir un breve post de un tip que a muchos, al igual que a Bea, os habrá traido de cabeza alguna vez. Si tenemos una hoja de cálculo con múltiples hojas o pestañas y queremos exportarlas en varios ficheros csv, podemos echar mano de ssconverter. Es un programita que se ejecuta desde el terminal y de muy fácil uso. Para convertir cada pestaña de una hoja de cálculo en formato gnumeric en un fichero csv distinto, el comando sería:

$ ssconvert -S --export-type=Gnumeric_stf:stf_csv Libro1.gnumeric Hoja.csv

La opción «-S» es la que va a decir a ssconverter que importe cada pestaña en un fichero distinto.

Y listo. Es fácil, es linux.

Conexión a Eduroam desde Ubuntu 13.10

Este post viene a ser una actualización de un post anterior donde explico cómo conectarnos a una red Eduroam.

En Ubuntu 13.10 tenemos que seleccionar la red y a continuación anadir estas opciones:

Seguridad: WPA & WPA2 Enterprise

Autenticación: Túnel TLS

Autenticación interna: PAP

Usuario: periquillodelospalotes@ugr.es

Contraseña: ***********************

Y esto es todo. Estas opciones sirven también para Android.

f1lt: Live timing de la Formula1 para que no te pierdas detalle de los tiempos

Comienza la temporada de Formula1 2013. En estos momentos se está disputando la eterna clasificación del GP de Australia 2013, así que he aprovechado para escribir este post. Si no te quieres perder detalle de cómo transcurre un GP, especialmente de la carrera, recomiendo utilizar alguna aplicación para seguir el live timing. Es algo que he descubierto gracias a podcast como GPCast, KeepPussing o SafetyCast.

En concreto, os recomiendo utilizar F1LT porque además del live timing convencional, para todas las sesiones de un GP puedes seguir los tiempos de un piloto en concreto o realizar comparativas entre ambos. Además permite grabar los datos para disfrutarlos de nuevo en diferido. Para conocer más características, podéis visitar la web del proyecto. Agradezco desde aquí al gran @DPlazaV por darme a conocer la aplicación vía Twitter.

Para instalarlo en primer lugar debes descargarte la fuente de F1TL desde este enlace o si prefieres instalar la última versión puedes clonar los repositorios de git:

$ sudo apt-get install git # en caso de que no tengas instalado git

$ git clone https://pieczaro@code.google.com/p/f1lt/

Una vez tenemos el código fuente debemos instalar los paquetes para compilar y después instalar la aplicación:

$ sudo aptitude install qmake libqt4-dev # en caso de que no tengas instalados los compildores

$ cd f1lt

$ qmake

$ make

$ sudo make install

Si durante el proceso no ha dado un error deberíamos tener F1LT instalado. Para arrancar ejecutamos:

$ f1lt

Aparecerá la ventana de la aplicación pero solo podremos disfrutar de los timing antiguos que tiene archivados. Para poder utilizar del LIVE timing, es decir, de los tiempos en DIRECTO, debemos registrarnos en la página de Live Timing oficial de F1, puesto que la aplicación descarga los datos que se ofrecen desde allí y nos lo presenta en la interfaz. Una vez registrados, debéis introducir vuestro usuario y contraseña en el menú File >> Login. Además, para que la aplicación conecte automáticamente cada vez que la iniciamos marcamos la casiila Tools >> Preferences >> Connect to LT server automatically after application start.

Con esto debería ser suficiente para tener el timing en directo cuando se esté disputando una sesión.

Nos leemos en el próximo post.

Integrando hojas de cálculo en LyX

Hace unos días recibí un correo de un lector del blog preguntado por cómo incluir en un fichero LyX los datos contenidos en una hoja de cálculo. De este modo, las modificaciones en la hoja de cálculo van a modificarse en el fichero LyX pertinentemente. Me ha parecido de gran utilidad y me ha parecido tan sencillo que no he podido evitar escribir un post al respecto. Gracias 😉

Este manual sirve tanto para hojas de calculo *.gnumeric, *.ods y *.xls pero requiere del conversor ssconvert, que está distribuído con la genial hoja de cálculo Gnumeric. Así que lo primero es instalar Gnumeric.

$ sudo apt-get install gnumeric

Seguidamente, abrimos LyX y en Insertar >> Archivo >> Material externo y seleccionamos en el diálogo la plantilla «GnumericSpreadsheet». Después sólo nos quedará añadir la ruta de nuestra hoja de cálculo y aceptar.

En el lugar del documento aparecerá un cuadro gris que corresponde a la hoja de cálculo y cuando compilemos el documento, quedará inclíuda una tabla en nuestro documento. Es cierto que presenta algunas limitaciones de formato, pero pienso que para tablas sencillas o también  preeliminares, puede venir genial. Para tener más libertad de formato, siempre podemos copiar las celdas en la hoja de cálculo y pegarlas dentro de una tabla creada con el pegado especial de LyX pulsando Ctrl + Mayus + v.

Interesante y útil tutorial. Con LyX, naturalmente.

Fuente | WikiLyX

mmv: Renombrar masivamente por consola

La vida es compleja, pero con Linux resulta más simple.

Quería renombrar masivamente una serie de ficheros cuyo nombre era: 1-A1-M13F.ab1, 1-A2-M13F.ab1,… y 2-A1-M13R.ab1, 2-A2-M13R.ab1,… Para quitarle los dos primeros caracteres, quedándose respectivamente: A1-M13F.ab1, A2-M13F.ab1,… y A1-M13R.ab1, A2-M13R.ab1,…

Googleando un poco encontré una aplicación que se ejecuta por consola y se llama mmv. Para instalarla, tecleamos:

$ sudo aptitude install mmv

Y los comandos que utilicé para resolver mi problema fueron:

$ mmv «1-*» «#1»

$ mmv «2-» «#1»

Así de sencillo, así de Linux.

¡LyX 2.0 Liberado! Novedades e instalación

Este es un momento que se repite con poca freuencia, así que hay que darle la importancia que se merece. Han pasado más de dos años después del lanzamiento de la versión 1.6 de LyX y ya disponemos de una nueva. Acaba de ser liberado LyX 2.0, celebrando así los 15 años del proyecto para convertirse en un software serio, sólido y maduro. Con esta nueva versión se han añadido numerosas funciones entre las que destacan:

1. Nuevo panel que muestra el progreso de la compilación y salida de programas externos
2. Previsualización instantánea basada en el paquete preview
3. Revisión ortográfica ‘al vuelo»
4. Diccionario de sinónimos con soporte multilingüe [Tutorial]
5. Búsqueda avanzada con consideración de formato
6. Búsqueda hacia atrás – saltando directamente de una línea particular en LyX a la salida DVI/PDF
7. Función de comparación de documentos.
8. Menús de resaltado textual
9. Soporte para XHTML
10. Soporte para múltiples índices
11. Soporte para XeTeX
12. Mejor control de las salidas
13. Soporte nativo para \includeonly para compilar subdocumentos seleccionados
14. Soporte para más paquetes y comandos LaTeX (\phantom, \makebox, \nameref, ulem, lettrine, …)
15. Soporte para el paquete refstyle en lugar de  prettyref
16. Soporte para más lenguajes (Suizo y Turco) y codificaciones (applemac)
17. Mejoradas características para las ramas
18. Soporte para tablas mejorado
19. Nuevas características de tamaño
20. Mejor soporte para el color
21. Soporte para argumentos requeridos
22. Nuevas características para el control de versiones
23. Soporte para notación musical mediante Lilypond
24. Módulo Noweb para escribir código fuente en LaTeX
25. Herramienta para soporte de R con Sweave

Si actualizas a Ubuntu 11.04, dispondrás de la versión 2.0rc3, pero si quieres la versión final, puedes instalarla compilando o desde repositorios.

Sin duda una genial noticia. Esperesmos que el proyecto siga con tan buena salud.

[Bioinformática] Convertir entre formatos de lecturas de secuenciación masiva: SRA, FASTQ y FASTA

Esta tarde me ha dado por curiosear cómo se utilizan ciertos programas para ensamblar lecturas de secuenciación masiva, concretamente obtenidas con Illumina y que se encuentran en bases de datos. Concretamente quería correr SOAPdenovo. No por nada, solo por curiosidad, pues la ejecución de software para este fin requiere de máquinas con muchos recursos. El caso es que como formato de entrada me pedía FASTQ y sin embargo me los descargué en SRA.

Es muy sencillo, si sabes cómo, realizar esta operación. Basta con ir a la página descargas de SRA Toolkit y obtener la versión para Ubuntu. Tras descomprimir, abrirmos un terminal en la carpeta y  ejecutamos fastq-dump de la siguiente manera (no es necesario instalar nada):

$ ./fastq-dump [--gzip] -A SRRxxxxxx -M 0 --split-files /ruta/fichero/SRRxxxxxx.sra

Así, después de un rato de procesamiento, obtendremos un fichero FASTQ.

Alternativametne, si queremos cambiar las etiquetas de las lecturas, podemos utilizar un comando como el siguiente, aunque es más lento:

$ ./fastq-dump --defline-qual '+' --defline-seq '@SRRxxxxxxx_$sn[_$rn]/$ri' --split-files SRRxxxxxxx.sra

Este es un fichero que puedes abrir un cualquier editor de textos (por ejemplo gEdit), pero si quieres pasarlo a formato FASTA, puedes pedir que te ayude BioPython. Si no lo tienes instalado:

$ sudo aptitude install python-biopython

Ejecutamos el interprete python (o ipython mejor) y ejecutamos el comando para convertir el formato del fichero:

$ python
>>> from Bio import SeqIO
>>> SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.fasta", "fasta")

Con esto debería bastar. Hala, ya tenemos nuestros ficheros con gigas de información para ser analizados. Pero hoy ya estoy muy cansado…

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ACTUALIZACIÓN 19/05/2011

Script Python para automatizar conversión FASTQ a FASTA a partir de una lista de ficheros.

from Bio import SeqIO

seq = open("files.txt", "r").readlines()

for line in seq:
    a = list(line)
    b = a[:-1]
    c = "".join(b)
    print "Empezando %s" % c
    SeqIO.convert(c, "fastq", c+".fas", "fasta")
    print "Terminado %s, a por el siguiente!!!" % c

print "TODO FINALIZADO"

Solucionar problemas con tarjetas ATI y Nvidia en Ubuntu 11.04 Natty Narwhal

No lo he probado, pero aquí dejo dos enlaces que puede ser de utilidad si tienes problemas con tu tarjeta gráfica:

• http://www.ubuntizandoelplaneta.com/2011/04/nuevos-driver-amd-catalyst-114-y.html
• http://ubuntulife.wordpress.com/2011/05/01/solucionar-problemas-con-las-tarjetas-nvidia-en-ubuntu-11-04-natty-narwhal/

Después de instalar Ubuntu 11.04 Natty Narwhal

Aquí pongo una lista de tres enlaces con tareas que se recomiendan hacer después de una instalación limbia de Ubuntu 11.04:

• http://ubuntulife.wordpress.com/2011/04/29/despues-de-instalar-natty-3-cosillas/
• http://ubunteate.es/que-hacer-despues-de-instalar-ubuntu-11-04
• http://www.portalubuntu.com/p/despues-de-instalar-ubuntu.html

Espero que os sean de utilidad.