Un Bioinformatiquillo

Anotaciones informáticas de un biólogo en ciernes

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Configurando un proyecto Django para acceder desde la red

Publicado por Paquillo Dubois el 2014/11/06
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Bioinformática, Ciencia, Consola, Producción Propia, Python, Soluciones Ubuntu, Tutoriales, Ubuntu-Linux, Zona proLinux. Deja un comentario

Hace mucho mucho tiempo que empecé a trabajar con Django, el framework de Python para crear contenidos web. Sin embargo, me ha costado mucho trabajo averiguar cómo configurar un proyecto para ser visto desde la red de la UGR. Aquí vemos cómo se hace utilizando Mod-WSGI y Apache.

Instalamos Mod-WSGI para Apache desde apt-get:

$ sudo apt-get install apache2-mod-wsgi

Creamos un fichero de configuración de apache. En este ejemplo, nuestra aplicación se llamará «app1»:

$ sudo vim /etc/apache2/sites-available/app1

Y escribimos:

WSGIScriptAlias /app1 /var/www/app1/app1/apache/django.wsgi
<Directory /var/www/app1/app1/apache>
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

A continuación, generamos el WSGI alias script para app1:

$ sudo vim /var/www/app1/app1/apache/django.wsgi

Vamos a /var/www/ y creamos dentro el script WSGI:

$ cd /var/www
$ django-admin.py startproject app1
$ mkdir /var/www/app1/app1/apache
$ sudo vim django.wsgi

Introducimos el contenido del script, para ello escribimos:

import os, sys
sys.path.append('/var/www/app1/')
os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'app1.settings'

import django.core.handlers.wsgi

application = django.core.handlers.wsgi.WSGIHandler()

Ejecutamos a2ensite:

$ sudo a2ensite

Nos pedirá el nombre de la aplicación. Escribimos:

app1

Y finalmente reiniciamos apache:

$ sudo /etc/init.d/apache2 restart

Y listo, listísimo.

Ahora podéis acceder a esta aplicación desde http://misitio.ugr.es/app1.
Hasta la próxima.

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Instalar imagen de Debian (u otra distribución) en una memoria USB y formatearla después

Publicado por Paquillo Dubois el 2014/09/22
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Consola, Distribuciones, Soluciones Ubuntu, Tutoriales, Ubuntu/Linux. Deja un comentario

Tras los bandazos que Ubuntu está dando desde hace 4 años vengo utilizando Debian cada vez con más asiduidad. En este tutorial vamos a hablar de cómo instalar una imagen de Debian en una memoria USB y luego formatear la memoria para volver a utilizarla normalmente.

$ wget http://cdimage.debian.org/debian-cd/7.6.0/amd64/iso-cd/debian-7.6.0-amd64-lxde-CD-1.iso

Buscamos la ruta a nuestro dispositivo con:

$ sudo fdisk -l

Una vez la conozcamos (por ejemplo, /dev/sdb),después desmontamos la partición en caso de que esté montada e instalamos la imagen en nuestro dispositivo USB con dd:

$ sudo umount /dev/sdb1
$ dd if=/ruta/debian.iso of=/dev/sdb bs=1M; sync

Así, Debian debería arrancar desde memoria USB debería estar arrancar cuando reiniciemos nuestra máquina si hemos configurado el arranque para ello.

Una vez hayamos instalado la distribución en nuestro ordenador, tal vez queramos borrar la imagen y restaurar el disposivo USB a su estado original. Borramos las particiones antiguas de la memoria USB y generamos la nueva lanzando:

$ sudo fdisk /dev/sdb

La aplicación nos hará una serie de preguntas que debemos responder así

Escribe "d" para borrar la partición.
Escribe "1" para seleccionar la parción.
Escribe "d" para borrar la otra partición (porque fdisk selecciona la segunda partición automáticamente).
Escribe "n" para crear la partición nueva.
Escribe "p" para que esta partición sea primaria.
Escribe "1" para que sea la primera partición.
Presiona "Enter" para aceptar el primer cilindro por defecto.
Presiona "Enter" otra vez para aceptar el último cilindro por defecto.
Escribe "w" para crear la nueva partición en la memoria USB.

Después desmontamos la partición y la formateamos como FAT32:

$ sudo umount /dev/sdb1
$ mkfs.vfat -F 32 /dev/sdb1

Y queda preparada nuevamente para contener nuestros datos.

Fuentes | ElBaúlDelProgramador y PendriveLinux

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Instalar llaves SSH

Publicado por Paquillo Dubois el 2014/09/14
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Consola, Producción Propia, Soluciones Ubuntu, Tutoriales, Zona proLinux. Deja un comentario

Podemos configurar nuestras máquinas para acceder a otros servidores sin necesidad de teclear nuestra contraseña cada vez. También es útil si queremos configurar cron para programar copias de seguridad entre máquinas con rsync. Para instalar tu llave SSH, sigue estos dos pasos:

1. Crear en el cliente la llave SSH, sin contraseña.

$ ssh-keygen -t rsa

Y debería aparecer un mensaje como este:

Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/usuario/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/usuario/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/usuario/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
be:79:f3:6e:09:22:89:d4:fc:e8:46:f4:3d:ea:c0:6f usuario@miordenador
The key's randomart image is:
+--[ RSA 2048]----+
|                 |
|                 |
|     o           |
|    . +          |
|   . o =S.       |
|    ..=.+ +      |
|     oo..o o .   |
|      ooEoo o    |
|     . o=. =o    |
+-----------------+

2. Ahora solo te queda copiar tu llave SSH en el servidor. Teclea en el cliente:

$ ssh-copy-id usuario@123.45.56.78

O alternativamente puedes utilizar este comando:

$ cat ~/.ssh/id_rsa.pub | ssh usuario@123.45.56.78 "mkdir -p ~/.ssh && cat >>  ~/.ssh/authorized_keys"

Y con esto sería suficiente para tener configurada nuestra autentificación SSH con llave.

Fuente | DigitalOcean

Más información | TotalLinux

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ssconverter: convertir hojas de cálculo con múltiples pestañas en múltiples csv

Publicado por Paquillo Dubois el 2014/06/05
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Bioinformática, Ciencia, Consola, Producción Propia, Soluciones Ubuntu, Ubuntu/Linux. Deja un comentario

Salir del letargo para añadir un breve post de un tip que a muchos, al igual que a Bea, os habrá traido de cabeza alguna vez. Si tenemos una hoja de cálculo con múltiples hojas o pestañas y queremos exportarlas en varios ficheros csv, podemos echar mano de ssconverter. Es un programita que se ejecuta desde el terminal y de muy fácil uso. Para convertir cada pestaña de una hoja de cálculo en formato gnumeric en un fichero csv distinto, el comando sería:

$ ssconvert -S --export-type=Gnumeric_stf:stf_csv Libro1.gnumeric Hoja.csv

La opción «-S» es la que va a decir a ssconverter que importe cada pestaña en un fichero distinto.

Y listo. Es fácil, es linux.

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Conexión a Eduroam desde Ubuntu 13.10

Publicado por Paquillo Dubois el 2014/02/28
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Producción Propia, Tutoriales, Ubuntu-Linux, Ubuntu/Linux, Wireless. Deja un comentario

Este post viene a ser una actualización de un post anterior donde explico cómo conectarnos a una red Eduroam.

En Ubuntu 13.10 tenemos que seleccionar la red y a continuación anadir estas opciones:

Seguridad: WPA & WPA2 Enterprise

Autenticación: Túnel TLS

Autenticación interna: PAP

Usuario: periquillodelospalotes@ugr.es

Contraseña: ***********************

eduroam

Y esto es todo. Estas opciones sirven también para Android.

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Mi charla en desGRANÁndo ciencia

Publicado por Paquillo Dubois el 2013/12/14
Publicado en: Uncategorized. Deja un comentario

DESCARGA la presentación de la charla en PDF

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Unir varios ficheros postscript y convertirlos a pdf

Publicado por Paquillo Dubois el 2013/09/29
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Bioinformática, Ciencia, Consola, Producción Propia, Tutoriales, Ubuntu-Linux. Deja un comentario

Para modificar ficheros en pdf tenemos pdftk, pero ¿qué pasa si tenemos ficheros en formato postscript? A continuación comparto con vosotros una receta que me ha resultado muy útil para unir varios ficheros postscript en uno solo y luego convertirlos a pdf.

Tenemos una serie de postscripts (*.ps) en una misma carpeta y ejecutamos el siguiente comando. Podemos modificar las dimensiones del documento final con la variables «-dDEVICEWIDTHPOINTS» y -dDEVICEHEIGHTPOINT. La salida en este caso es «all2.ps»

$ gs -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pswrite -dDEVICEWIDTHPOINTS=1000 -dDEVICEHEIGHTPOINTS=1200 -dPDFFitPage -sOutputFile=all2.ps *.ps

Convertimos el fichero postscript en pdf.

$ ps2pdf all2.ps all2.pdf

En el caso de que queramos fusionar varias páginas del pdf en la misma página podemos utilizar este comando.

$ pdfnup --no-landscape --nup 3x4 all2.pdf

Y ya lo tenemos. Sencillo a la par que útil.

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Instalación offline de paquetes desde repositorios

Publicado por Paquillo Dubois el 2013/08/30
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Consola, Producción Propia, Soluciones Ubuntu, Tutoriales, Ubuntu-Linux, Zona proLinux. 3 comentarios

Cada vez es menos común que nos encontremos en una situación donde no tenemos conexión a internet en una de nuestras máquinas. Pero el caso es que sucede, como a Bea (no realmente, pero sí prácticamente) y si necesitáis instalar paquetes con numerosas dependencias descargarse manualmente desde la web de los repositorios los precompilados deb resulta un auténtico suplicio. Este tip puede salvaros de la desesperación en más de una ocasión.

Estos son los pasos que debemos seguir.

  • Abrimos Synaptic en Administración >> Gestor de paquete Synaptic
  • Marcamos los paquetes que queremos instalar
  • Guardamos un script haciendo clic en Archivo >> Generar script
  • Abrimos un terminal (Aplicaciones >> Terminal) y ejecutamos: sudo sh script_name
  • Todos los paquetes y sus respectivas dependencias se descargarán en el directorio donde tengamos abierto el terminal
  • Guardamos en los ficheros deb descargados en una carpeta que podemos mover a la máquina que tengamos sin conexion
  • Para instalar, de nuevo en un terminal ejecutamos: sudo dpkg –force-depends -i *.deb

Y eso es todo. Disfrutad.

Fuente | NothingToPost

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f1lt: Live timing de la Formula1 para que no te pierdas detalle de los tiempos

Publicado por Paquillo Dubois el 2013/03/16
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Consola, Internet, Producción Propia, Tutoriales, Ubuntu/Linux. Deja un comentario

Comienza la temporada de Formula1 2013. En estos momentos se está disputando la eterna clasificación del GP de Australia 2013, así que he aprovechado para escribir este post. Si no te quieres perder detalle de cómo transcurre un GP, especialmente de la carrera, recomiendo utilizar alguna aplicación para seguir el live timing. Es algo que he descubierto gracias a podcast como GPCast, KeepPussing o SafetyCast.

En concreto, os recomiendo utilizar F1LT porque además del live timing convencional, para todas las sesiones de un GP puedes seguir los tiempos de un piloto en concreto o realizar comparativas entre ambos. Además permite grabar los datos para disfrutarlos de nuevo en diferido. Para conocer más características, podéis visitar la web del proyecto. Agradezco desde aquí al gran @DPlazaV por darme a conocer la aplicación vía Twitter.

Para instalarlo en primer lugar debes descargarte la fuente de F1TL desde este enlace o si prefieres instalar la última versión puedes clonar los repositorios de git:

$ sudo apt-get install git # en caso de que no tengas instalado git

$ git clone https://pieczaro@code.google.com/p/f1lt/

Una vez tenemos el código fuente debemos instalar los paquetes para compilar y después instalar la aplicación:

$ sudo aptitude install qmake libqt4-dev # en caso de que no tengas instalados los compildores

$ cd f1lt

$ qmake

$ make

$ sudo make install

Si durante el proceso no ha dado un error deberíamos tener F1LT instalado. Para arrancar ejecutamos:

$ f1lt

Aparecerá la ventana de la aplicación pero solo podremos disfrutar de los timing antiguos que tiene archivados. Para poder utilizar del LIVE timing, es decir, de los tiempos en DIRECTO, debemos registrarnos en la página de Live Timing oficial de F1, puesto que la aplicación descarga los datos que se ofrecen desde allí y nos lo presenta en la interfaz. Una vez registrados, debéis introducir vuestro usuario y contraseña en el menú File >> Login. Además, para que la aplicación conecte automáticamente cada vez que la iniciamos marcamos la casiila Tools >> Preferences >> Connect to LT server automatically after application start.

Con esto debería ser suficiente para tener el timing en directo cuando se esté disputando una sesión.

Nos leemos en el próximo post.

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Instala WordPress en tu espacio de la UGR

Publicado por Paquillo Dubois el 2013/03/13
Publicado en: Uncategorized. Etiquetado: Ciencia, Internet, Producción Propia, Soluciones Ubuntu, Tutoriales, Ubuntu-Linux, Wordpress. Deja un comentario

Gracias a Ángel conocí la posibilidad de poder instalar WordPress en el espacio web que ofrece la UGR a sus trabajadores. En primer lugar debes tener una cuenta de correo xxxx@ugr.es y después darte de alta en el servicio indicando tus datos en esta página. Suelen tardar menos de un día, pero mientras te dan de alta, puedes continuar con el tutorial para dejarlo todo preparado.

El CSIRC explica cómo instalar cierta aplicaciones entre las cuales se encuentra WordPress desde esta página. Sin embargo, a ratos resulta ambiguo para los poco hábiles en el tema y en otros erróneos por falta de actualización, por lo que considero necesario un manual que explique el procedimiento de forma algo más sencilla y detallada. Allá vamos:

  1. Descarga y descomprime la versión de WordPress 3.0.5
  2. Descarga la versión 2.7.o del plugin PDO para acceder a bases de datos SQLite. Descomprime el plugin directamente dentro de la carpeta worpress/wp-content, que debe contener esta estructura de archivos:
    db.php
    index.php
    languages
    pdo
    plugins
    readme.txt
    themes
  3. Crea dentro de wordpress/wp-content el directorio database
  4. Copia el fichero wordpress/wp-config-sample.php y guárdalo con el nombre wp-config.php en esa misma carpeta. Ábrelo con un editor de ficheros (por ejemplo Vim o gEdit). Busca la línea define(‘DB_COLLATE’, »); y en la siguiente añade la línea define(‘DB_TYPE’, ‘sqlite’); . Si lo prefieres, puedes cambiar el nombre de tu base de datos, modificando la línea define(‘DB_NAME’, ‘nombredetubasededatos’);
  5. Guarda este fichero (nombredetubasededatos.sqlite) que es una base de datos vacía en el directorio database que anteriormente creaste. En el caso de que en el paso anterior hayas cambiado el nombre de tu base de datos, debes cambiar el nombre del fichero antes de la extensión por el nombre nuevo.
  6. Ya tenemos preparada nuestra carpeta wordpress con todo el contenido necesario para para subirla a nuestro espaco wdb de la UGR en el caso de que nuestra solicitud de activación haya sido considerada. Para ello podemos utilizar un programa como Filezilla (puedes instalarlo desde repositorios). Lanza filezilla y edita cada campo con la información correspondiente (EN MAYÚSCULA, AQUELLO QUE DEBES CAMBIAR). Host: ftpwdb.ugr.es | Username: TUNOMBREDEUSUARIO | Password: TUCONTRASEÑA. Y después pulsa el botón «Quickconnect».
  7. Esto debería ser suficiente para conectar con el servidor. En el panel de la izquierda tenemos nuestro sistema de ficheros local, mientras que en el de la derecha veremos el sistema de ficheros del servido wdb. Abrimos a la derecha la carpeta public_html y a la izquierda seleccionamos la carpeta wordpress que hemos editado y hacemos clic con el botón derecho del ratón para subir la carpeta. En este caso tendrás WordPress en el dominio http://wdb.ugr.es/~usuario/wordpress. Si alternativamente prefieres tener wordpress bajo el dominio http://wdb.ugr.es/~usuario/, simplemente sube el contenido de la carpeta wordpress dentro de public_html.
  8. Cambia los permisos de los ficheros o carpetas que acabas de subir al servidor wdb. Para conocer mejor cómo están codificados, visita este enlace. Primero da permisos 775 a todos los ficheros. Para ello selecciónalos y haciendo clic con el botón derecho selecciona «File permissions…». En el cuadrante «Numeric Value» escribe 775 e indica que se aplique recursivamente en todos los directorios y ficheros. Del mismo modo da permisos 777 a todo el contenido de wp-content/database y permisos 666 al fichero *.sqlite
  9. Abre tu navegador y abre la dirección http://wdb.ugr.es/~usuario/wordpress/wp-admin/install.php. La página te dará las indicaciones para instalar WordPress.

Y esto es todo. Accediendo a http://wdb.ugr.es/~usuario/wordpress, podremos acceder a nuestro blog recién instalado.

Hasta el próximo tuto.

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