7 comentarios el “[Bioinformática] Convertir entre formatos de lecturas de secuenciación masiva: SRA, FASTQ y FASTA

  1. hola que tal… en bpython se utilizan los mismos comandos que en python? por ejemplo, en el ejemplo de arriba …?

  2. Para convertir archivos BAM a Fastq, estoy teniendo problemas con todas las herramientas disponibles, alguien podría ayudarme?

    • Hola Angy. Suelo utilizar la siguiente receta para eso que dices.

      Primero debes ordenar el BAM por nombre con:

      $ samtools sort -n

      Luego puedes utilizar bedtools con la opción:

      $ bamToFastq

      Saludos.

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