Configurando un proyecto Django para acceder desde la red

Hace mucho mucho tiempo que empecé a trabajar con Django, el framework de Python para crear contenidos web. Sin embargo, me ha costado mucho trabajo averiguar cómo configurar un proyecto para ser visto desde la red de la UGR. Aquí vemos cómo se hace utilizando Mod-WSGI y Apache.

Instalamos Mod-WSGI para Apache desde apt-get:

$ sudo apt-get install apache2-mod-wsgi

Creamos un fichero de configuración de apache. En este ejemplo, nuestra aplicación se llamará «app1»:

$ sudo vim /etc/apache2/sites-available/app1

Y escribimos:

WSGIScriptAlias /app1 /var/www/app1/app1/apache/django.wsgi
<Directory /var/www/app1/app1/apache>
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

A continuación, generamos el WSGI alias script para app1:

$ sudo vim /var/www/app1/app1/apache/django.wsgi

Vamos a /var/www/ y creamos dentro el script WSGI:

$ cd /var/www
$ django-admin.py startproject app1
$ mkdir /var/www/app1/app1/apache
$ sudo vim django.wsgi

Introducimos el contenido del script, para ello escribimos:

import os, sys
sys.path.append('/var/www/app1/')
os.environ['DJANGO_SETTINGS_MODULE'] = 'app1.settings'

import django.core.handlers.wsgi

application = django.core.handlers.wsgi.WSGIHandler()

Ejecutamos a2ensite:

$ sudo a2ensite

Nos pedirá el nombre de la aplicación. Escribimos:

app1

Y finalmente reiniciamos apache:

$ sudo /etc/init.d/apache2 restart

Y listo, listísimo.

Ahora podéis acceder a esta aplicación desde http://misitio.ugr.es/app1.
Hasta la próxima.

ssconverter: convertir hojas de cálculo con múltiples pestañas en múltiples csv

Salir del letargo para añadir un breve post de un tip que a muchos, al igual que a Bea, os habrá traido de cabeza alguna vez. Si tenemos una hoja de cálculo con múltiples hojas o pestañas y queremos exportarlas en varios ficheros csv, podemos echar mano de ssconverter. Es un programita que se ejecuta desde el terminal y de muy fácil uso. Para convertir cada pestaña de una hoja de cálculo en formato gnumeric en un fichero csv distinto, el comando sería:

$ ssconvert -S --export-type=Gnumeric_stf:stf_csv Libro1.gnumeric Hoja.csv

La opción «-S» es la que va a decir a ssconverter que importe cada pestaña en un fichero distinto.

Y listo. Es fácil, es linux.

Unir varios ficheros postscript y convertirlos a pdf

Para modificar ficheros en pdf tenemos pdftk, pero ¿qué pasa si tenemos ficheros en formato postscript? A continuación comparto con vosotros una receta que me ha resultado muy útil para unir varios ficheros postscript en uno solo y luego convertirlos a pdf.

Tenemos una serie de postscripts (*.ps) en una misma carpeta y ejecutamos el siguiente comando. Podemos modificar las dimensiones del documento final con la variables «-dDEVICEWIDTHPOINTS» y -dDEVICEHEIGHTPOINT. La salida en este caso es «all2.ps»

$ gs -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pswrite -dDEVICEWIDTHPOINTS=1000 -dDEVICEHEIGHTPOINTS=1200 -dPDFFitPage -sOutputFile=all2.ps *.ps

Convertimos el fichero postscript en pdf.

$ ps2pdf all2.ps all2.pdf

En el caso de que queramos fusionar varias páginas del pdf en la misma página podemos utilizar este comando.

$ pdfnup --no-landscape --nup 3x4 all2.pdf

Y ya lo tenemos. Sencillo a la par que útil.

ACTUALIZACIÓN 25/07/2023

Pdfnup ha sido reemplazad por pdfjam:

$ pdfjam --no-landscape --nup 3x4 all2.pdf

Contar elementos en un fichero con fgrep + wc

¡Ajá! Muchos pensábais que estaba acabado, pero no va a pasar un año sin que publique nada por aquí. 😉

Os presento un comando que sirve para contar cuántas veces se repite una cadena de caracteres en un fichero.

$ fgrep -o ">" file.fas | wc -l

Este ejemplo sirve para contar el número de secuencias de un fichero FASTA. fgrep imprime la cadena cada vez que la encuentra en el fichero y wc cuentra el número de veces que lo repite.

Hasta la próxima.

Correr scripts en Perl como un ejecutable

Un simple pero muy útil y eficiente truco es crear una carpeta ~/bin donde añadir binarios de programas y así ejecutarlos rápidamente sin tener que ir a la localización de los mismos como expliqué aquí.

En el caso de que se trate de un script en perl tenemos que modificar el fichero. Si se encuentra en la carpeta bin, debemos de comprobar que la primera línea resulta ser al como esto.

#! /usr/bin/perl

Puede ocurrir que no tenga permisos de ejecución, para dárselos bastaría con hacer en consola:

$ chmod +x script.pl

Así de fácil. Así de útil.

 

 

Compilando r8s en Ubuntu 8.04

No te preocupes, no has retrocedido 3 años en el tiempo. Este tutorial sirve para compilar un software de datación de filogenias llamado r8s. Hay que decir que la última versión 1.71 fue lanzada como en 2006 y que los compiladores que requiere están obsoletos y no se encuentran para versiones recientes, al menos, para Debian/Ubuntu. Por este motivo, probé a compilar en una versión antigua de Ubuntu, la 8.04 LTS «Hardy Heron». Me bajé la imagen ISO de la distribución y la instalé en VirtualBox. Una vez dentro de Ubuntu 8.04 me descargué el código de r8s v1.71. Con esto sobre el escritorio, comienza el manual:

1. Instalar el paquete «atool» y descomprimir el fichero:

$ sudo aptitude install atool

$ aunpack r8s1.7.dist.tar.Z

2. Instalamos compiladores de Fortran. No sé cuáles de ellos son estrictamente necesarios, en mi caso instalé los siguientes paquetes:

$ sudo aptitude install libg2c0-dev cfortran fortran77-compiler fortran95-compiler g77

3. En la carpeta que anteriormente descomprimimos, nos dirigimos a el subdirectorio «src» y compilamos:

$ cd r8s1.71/src

$ make

Si no da ningún mensaje de error, debería de estar compilado. Para comprobar que el proceso ha transcurrido correctamente, podemos ejecutar r8s:

$ ./r8s

Y debería de aparecernos un prompt consistente en «r8s>».

Bueno, ahora queda entender cómo funciona. pero eso ya será en otro episodio.

[Bioinformática] DendroPy: Librería para análisis filogenético. Árbol consenso MrBayes

La informática tiene sus misterios, o tal vez yo soy lo suficientemente avispado como para escudriñar hechos que aparentemente no tienen lógica. Resulta que tras correr una larga simulación para realizar una inferencia filogenética bayesiana con MrBayes, el software era incapaz de realizar la filogenia consenso con la misma orden que comúnmente he ido utilizando desde que aprendí a correr el programa.

Buscando soluciones, me topé con DendroPy, una librería escrita en Python para análisis filogenético.

Para instalarlo, puedes utilizar uno de estos dos comandos.

$ sudo pip install dendropy

con utilizando setuptools:

$ sudo easy_install -U dendropy

Si todo ha marchado correctamente, podremos utilizar SumTrees, el programa de la librería apropiado para realizar una filogenia consenso con los resultados de MrBayes.

Por ejemplo, para tener un resumen de la probabilidad posterior en la filogenia, la línea sería esta:

$ sumtrees.py --min-clade-freq=0.95 --burnin=200 --support-as-labels --output=result.tre treefile1.tre treefile2.tre treefile3.tre

Gracias a esto logré aprovechar ese análisis. Siempre Python.

[Bioinformática] Orthoptera Species File: Base de datos taxonómica de ortópteros

Amantes de los grillos y saltamontes, si queréis tener información taxonómica sobre vuestro orden de insectos preferido, no dudéis en visitar Orthoptera Species File en la siguiente dirección:

http://orthoptera.speciesfile.org/HomePage.aspx

Vuestros amigos os lo agradecerán.

Un cordial saludo.

[Bioinformática] Texshade: Alineamientos de nucleótidos o proteínas en LaTeX (LyX)

Si necesitas añadir alineamientos de nucleótidos o proteínas en tu documento LaTeX, TeXShade es tu paquete. La manera de trabajar con este paquete es muy sencilla:

En el preámbulo añadimos el paquete con esta línea:

\usepackage{texshade}

En el cuerpo del documento añadimos los comandos, donde introducimos la dirección del fichero del alineamiento en formato FASTA, y seguidamente algunas características que queremos que aparezcan en la edición del alineamiento:

\begin{texshade}{/direccion/del/fichero/gb.fas}
\feature{ttop}{1}{1..528}{bar:conservation}{}
\showfeaturestylename{ttop}{conservación}
\end{texshade}

Esto es parte del resultado, en mi caso lo he combinado con el paquete landscape para que las páginas que son ocupadas por el alineamiento estén apaisadas.

Más información | Manual TeXShade

[Bioinformática] abifpy: Módulo de Biopython para leer ficheros ABI *.ab1

Llevaba tiempo buscando alguna manera de introducir secuencias en formato abi en Biopython. Este formato contiene las lecturas del secuenciador así que no solo tenemos la información de la secuencia sino de la calidad o el nivel de confianza de dada una de las bases secuenciadas.

El módulo de Biopython se llama Abifpy y está disponible para descargar libremente desde el Github del autor. Una manera de instalarlo es introducir la ruta del módulo en el fichero ~/.bashrc:

# Add custom Python modules to the Python path.
PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/abifpy
PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/usr/lib/python2.6/site-packages
export PYTHONPATH

Ahora al iniciar  Python deberíamos tener el módulo operativo. La forma de uso es muy sencilla:

$ python
>>> import abifpy
>>> secuencia = abifpy.Trace(«file.ab11») # abrir fichero
>>> secuencia = abifpy.Trace(«file.ab1», trimming=True) # abrir fichero y quitar los extremos de la secuencia, de menor calidad
>>> secuencia.seq # ver secuencia
>>> secuencia.qualVal # ver valores de calidad de cada secuencia
>>> secuencia.name # nombre de la secuencia

Fácil, ¿verdad? Pues tan más útil resulta.