Un simple pero muy útil y eficiente truco es crear una carpeta ~/bin donde añadir binarios de programas y así ejecutarlos rápidamente sin tener que ir a la localización de los mismos como expliqué aquí.
En el caso de que se trate de un script en perl tenemos que modificar el fichero. Si se encuentra en la carpeta bin, debemos de comprobar que la primera línea resulta ser al como esto.
#! /usr/bin/perl
Puede ocurrir que no tenga permisos de ejecución, para dárselos bastaría con hacer en consola:
$ chmod +x script.pl
Así de fácil. Así de útil.
Un Bioinformatiquillo 