El progreso de LyX es imparable. Una de las novedades que trae la nueva versión 2.0 de es el soporte integrado de Sweave para ejecutar código R. Para versiones 1.6 o inferiores, así era la configuración. Sin embargo, ahora se ha facilitado mucho el procedimiento.
Si tenemos instalado R, abrimos LyX 2.0 y nos vamos a Documento >> Configuración >> Módulos >> Disponibles y añadimos el módulo «Sweave». Aceptamos y en el menú de entornos tenemos al final uno denominado «Trozo» englobado en el tipo Sweave. Bajo este entorno escribiremos el código R/Sweave deseado y al compilarlo se insertará en nuestra salida PDF.
¿Ya está? Pues no os dije que era más fácil. Aquí dejo un ejemplo en formato LyX 2.0 (debéis cambiar la extensión de odt a lyx) y en PDF.
Un Bioinformatiquillo 
Hola,
seguí tus consejos con Lyx 2.0.0 con windows pero me da este error:
Se ha producido un error al ejecutar:
Rscript –verbose –no-save –no-restore
«C:/Lyx/…/lyxsweave.R»
«C:/users…»
¿Sabes cómo solucionarlo?
Y saludos
Tengo el mismo problema que J.Miguel. Con R 2.13 y Lyx 2.0.
Gracias.
Solucionado:
Lo expongo por si puede servir de ayuda a otros usuarios:
Hay una nueva versión de LyX como ya sabéis desde septiembre. No hay un binario oficial para windows, pero si que existe éste, extraoficial: http://prdownload.berlios.de/lyxwininstall/LyX-201-1-Installer.exe
Lo he instalado y todo funciona a la perfección. (LyX 2.0.1 y R 2.13.1).
Gracias.
Hola!
Hice todo lo que me dijiste pero cada vez que quiero hacer una «compilación» LyX llora (o puede ser que R es sweave es el que llora) con el tema de los acentos ¿Sabes como solucionarlo?
Hola:
Al añadir el módulo en LyX me dice que mi distribución de LaTeX (MikTeX) no tiene el paquete sweave -> latex. He intentado buscar ese paquete, pero no me aparece ni en el repositorio de MikTeX ni en ningún otro sitio.
No uso Windos, pero el módulo es algo propio de LyX. Revisa que tienes la versión 2.0
Saludos.
Tengo la version Lyx2.0.2 (Noviembre de 2011)
Sigo los pasos que usted indica pero luego no se puede generar el pdf.
Podría hacer una explicación para dummies?
Como compila el código R del chunck que escribe?
Gracias