Instalar y Usar Sweave: LyX (LaTeX) como editor estadístico basado en R

[Recomiendo la lectura de este artículo a Jose (para que Olga presente una elegante tesis) y a Eli (para que se instale LyX –en Ubuntu, claro– de una vez por todas).]

El post de ayer no fue una casualidad. Hace unos días, Ángel me preguntó si sabía algo de R. Yo respondí que lo conocía, pero que aún no me había metido aprenderlo. Al día siguiente, me enseñó unas gráficas que había hecho con R integrado con LaTeX. Lo hizo usando un fichero *.Rnw, escrito en lenguaje LaTeX y R, que (haciendo: R CMD Sweave archivo.Rnw && latex archivo.tex) generaba un archivo *.tex con el texto y otros con la gráfica generada.

Muy entusiasmado me dispuse a probar Sweave, esa maravillosa y libre funció que me permite utilizar estadística en el programa con el que tengo más empatía: LyX. Esto es lo que he aprendido desde entonces:

Instalación

1. Instalar R. [Ver Bioinformatiquillo]

2. Instalar las plantillas. Descargamos los archivos que hay aquí (nos olvidamos de la carpeta). Copiamos los archivos «literate-*.*» y en nuestra carpeta de usuario (~/.lyx) o en la carpeta de librerías (/usr/share/lyx), dentro del directorio «layouts» (si no son estas, búscalas en Lyx: Ayuda —> Acerca).

3. Modificar el archivo «preferences». Abrimos el archivo «preferences» que antes descargamos y copiamos el contenido a continuación del que está en nuestra carpeta de usuario (los más precavidos pueden hacer una copia de seguridad antes).

4. Reconfigurar LyX. Abrimos LyX y le damos a Herramientas —> Reconfigurar. Tras lo cual, reiniciamos el programa y listo.

Utilización.

1. Seleccionamos una de las plantillas que acabamos de instalar: article , book o report (Sweave noweb).

2. Introducimos código R. Del mismo modo con el que introducimos código LaTeX (ERT), metemos nuestro código R. Yo he usado este:

<<fig=T,echo=T,height=4>>
asequence<- seq(from=0,to=5,by=0.1)
expnegx2 <- exp(-asequence^2)
plot(asequence,expnegx2,type="l",ylab=expression(exp(-z^2)),xlab="z")
@

3. Compilamos. Ver —> PDF

** Atención: con estas plantillas, he tenido problemas al compilar con las tildes en la codificación «latin 1», pero lo solucioné escogiendo «utf8».

4. Admiramos y reflexionamos. ¡Me encanta LyX! Esto no se pudiera haber realizado si R y LaTeX/LyX fueran proyectos privativos.

[Descargar pdf]

[Descargar lyx] (cambiar extensión a *.lyx)

Ahora, sí que sí, no tengo excusa para no aprender R.

ACTUALIZACIÓN (22/02/2009): Al actualizar a la nueva versión de LyX, no me funcionaba, tras indagar un poco, comprobé que el archivo ‘preferences’ había cambiado. La solución es volver a copiar las líneas que insertemos, reconfiguramos y solucionado.

———————————————————-

Más información: Wiki LyX; RNews: «Using Sweave with LyX» (pdf).