ClassicThesis: Instalación de esta clase de documento para tesis en GNU/Linux

En este tutorial explicaré cómo instalar en GNU/Linux la clase de documento para LaTeX y LyX  ClassicThesis., Esta está recomendada para hacerla funcionar en LyX 2.0 o superior, pero en LyX 1.6 también funciona.

Primero debemos dirigir nos a los repotorios del proyecto ClassicThesis y nos descargamos la clase, que es un fichero comprimido llamado classicthesis.v.4.1.zip. Descomprimimos el fichero,  guardamos la carpete en /usr/share/texmf/tex/latex y actualizamos el índice de paquetes LaTeX con «sudo texhash».

Descargamos la platilla para LyX en el fichero ClassicThesis-LyX-v4.1.zip, lo descomprimimos,  movemos el fichero con extensión *.layout en /home/USUARIO/.lyx/layouts y reconfiguramos LyX («lyx -x reconfigure»). Seguidamente, instalamos las fuentes que utiliza esta clase de documento «texlive-fonts-extra» (sudo apt-get install texlive-fonts-extra).

Para comprobar que está instalado, abrimos un documento nuevo y vemos si tenemos la clase «classicthesis» en el menú desplegable de Documento >> Configuración >> Clase de Documento.

Y ya debería estar funcionando. Puedes echar un vistazo al fichero de configuración que la clase trae para personalizarla.

Hasta la vista.

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Bibliografía dividida por capítulos en LyX

Este es uno de los trucos que aprendí ayudando a maquetar una tesis con LyX.

Si tenemos una tesis con una clase de documento que soporta capítulos (por ejemplo «book») y después de cada uno de ellos añadimos la lista de referencias citadas, al compilar nos daremos cuenta que después de cada capítulo tenemos una lista de referencias, sí, pero la lista de TODAS las referencias citadas en el documento. A continuación explico cómo configurar LyX para aparezcan después de cada capítulo únicamente las referencias citadas en el mismo.

En primer lugar debemos descargar este script, lo hacemos ejecutable y lo guardamos en una de nuestras carpetas de binarios, es es:

$ wget http://wiki.lyx.org/uploads/BibTeX/bibtexall

$ chmod +x bibtexall

$ sudo mv bibtexall /usr/local/bin

Una vez echo esto, abrimos LyX y en el menú Herramientas >> Preferencias >> Salidas >> LaTeX >> Comandos, sustituímos «bibtex» por «bibtexall». Guardamos y aplicamos los cambios para que se mantenga la configuración cada vez que abramos un fichero nuevo.

Ahora en el preámbulo LaTeX cargamos el paquete chapterbib:

\usepackage{chapterbib}

Reiniciamos LyX y debería funcionar.

Fuente | WikiLyX

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ACTUALIZACIÓN 06/03/2013

Aquí debajo pongo el código del script por si por algún motivo el enlace que aporto no funciona.

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: iso-8859-15 -*-

# \author Juergen Spitzmueller

# This file is a wrapper on bibtex to let LyX
# process every aux file in the temp directory
# this is needed if you use chapterbib with LyX.
# Place this file somewhere in your PATH , then
# open Tools->Preferences->LaTeX in LyX and change
# the "bibtex command" from "bibtex" to "bibtexall".

import sys, os
for filename in os.listdir("."):
	if filename.endswith('.aux'):
		f = os.path.splitext(filename)[0]
		os.popen('bibtex ' + f)

Acceder a escritorio remoto VNC desde cualquier puerto

Imaginad que queréis acceder a un servidor remoto por SSH a través de un puerto que no es el 22 (digamos, el 3000). El comando sería el siguiente:

$ ssh direccion.del.servidor -p 3000

Fácil. Pero ¿qué pasaría si quisiéramos abrir un escritorio VNC desde un puerto distinto al que está por defecto?

En el lado el cliente abrimos con un editor de texto el fichero ~/.bashrc y añadimos las siguientes dos líneas:

VNC_VIA_CMD='/usr/bin/ssh -2 -c aes128-cbc -x -p 3000 -l USER_NAME -f -L %L:%H:%R %G sleep 20'
export VNC_VIA_CMD

Y para abrir el escritorio remoto hacemos en consola:

$ vncviewer -via direccion.del.servidor :NUMBER_VNC

Y listo. Hasta el próximo tip.

Contar elementos en un fichero con fgrep + wc

¡Ajá! Muchos pensábais que estaba acabado, pero no va a pasar un año sin que publique nada por aquí. 😉

Os presento un comando que sirve para contar cuántas veces se repite una cadena de caracteres en un fichero.

$ fgrep -o ">" file.fas | wc -l

Este ejemplo sirve para contar el número de secuencias de un fichero FASTA. fgrep imprime la cadena cada vez que la encuentra en el fichero y wc cuentra el número de veces que lo repite.

Hasta la próxima.

Correr scripts en Perl como un ejecutable

Un simple pero muy útil y eficiente truco es crear una carpeta ~/bin donde añadir binarios de programas y así ejecutarlos rápidamente sin tener que ir a la localización de los mismos como expliqué aquí.

En el caso de que se trate de un script en perl tenemos que modificar el fichero. Si se encuentra en la carpeta bin, debemos de comprobar que la primera línea resulta ser al como esto.

#! /usr/bin/perl

Puede ocurrir que no tenga permisos de ejecución, para dárselos bastaría con hacer en consola:

$ chmod +x script.pl

Así de fácil. Así de útil.

 

 

Villancico linuxero

Disfrutad de este villancico que describe con maestría los pensamiento sobre su sistema operativo de cualquier usuario de GNU/Linux.

Vía | TuxApuntes

Material para el Taller de Gestión Bibliográfica, II Curso de Técnicas Básicas de Investigación en Biología Ambiental

En la Facultad de Ciencias de la UGR del 7 al 11 de Noviembre va a tener lugar la segunda edición del Curso de Técnicas Básicas de Investigación en Biología Ambiental. Me han pedido impartir el primer taller que tratará de herramientas de gestión bibliográfica como suplente y, claro, tengo el defecto de no saber decir que no.

Juan Diego me indicó que sería interesante preparar algún contenido de apoyo a los asistentes al taller. A continuación, propongo una serie de herramientas interesantes para la gestión bibliográfica.

Acceso externo a la red de la UGR mediante VPN:

• En GNU/Linux
• En Windows
• En MacOSX

Buscadores de bibliografía:

• Google Scholar (acceso libre)
• ISI Web of Science (acceso a través de red UGR)

Gestores de bibliografía

• Zotero: extensión de Firefox para crear bases de datos a través de la web.
• JabRef: gestor de bases de datos bibliográficas
• Mendeley: crea bases de datos a partir de PDF

Integración de Zotero con editores de documentos:

• Plugin LibreOffice
• LyZ

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ACTUALIZACIÓN 7/11/2011:

Presentación PDF

Post número 1500 de Bioinformatiquillo y Ya van más de 6000 descargas del Manual LyX con «L» de LaTeX

Quién me lo iba a decir cuando el 27 de Julio de 2007 abriera este blog gracias a una idea de Rafa, más conocido como Palote, para crear un espacio donde incluir anotaciones útiles para mis comienzos como usuario de GNU/Linux y, ya de paso, que estuvieran accesibles para cualquier persona del mundo. Y más de cuatro años después aún sigue, pasando ahora una etapa de bajo número de publicaciones, pero aún vivo, divulgando y fomentando las bondades del software libre.

Y, además, este post celebra la descarga número 6000 del manual LyX con «L» de LaTeX desde el propio blog, el contenido que tiene más éxito en blog y tema en el que sin quererlo se ha convertido en una referencia para muchos usuarios. Atrás quedan muchos post, una entrevista, algún meneo, charlas, correo electrónicos y, muchas cosas que llegarán.

Por todo esto y mucho más, agradecer a todos los que os encontráis al otro lado del ordenador por todo el apoyo que recibo por mantener este blog.

Taller de presentaciones con LaTeX-Beamer en la ETSIIT UGR (II)

Aquí dejo algunos recursos útiles para la gente que quiera asistir al taller de LaTeX-Beamer que hoy se celebrará a las 11:00 en el aula 1.3 de la ETSIIT de Granada.

• Documento tex para editar durante la charla e imágenes
• Manual del proyecto LaTeX-Beamer
• Manual LyX con “L” de LaTeX
• Matriz de temas

Para poder compilar el código fuente que generemos durante la charla, es necesario tener instalada una distribución LaTeX (en GNU/Linux se instala automáticamente al instalar un editor LaTeX como LyX o Kile) asegurándonos de que tenemos el paquete LaTeX-Beamer; y un editor de LaTeX.

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ACTUALIZACIÓN 28/10/2011

Aquí dejo el tex editado

Y la salida en pdf.

Ejecutando código R con Sweave en LyX 2.0

El progreso de LyX es imparable. Una de las novedades que trae la nueva versión 2.0 de es el soporte integrado de Sweave para ejecutar código R. Para versiones 1.6 o inferiores, así era la configuración. Sin embargo, ahora se ha facilitado mucho el procedimiento.

Si tenemos instalado R, abrimos LyX 2.0 y nos vamos a Documento >> Configuración >> Módulos >> Disponibles y añadimos el módulo «Sweave». Aceptamos y en el menú de entornos tenemos al final uno denominado «Trozo» englobado en el tipo Sweave. Bajo este entorno escribiremos el código R/Sweave deseado y al compilarlo se insertará en nuestra salida PDF.

¿Ya está? Pues no os dije que era más fácil. Aquí dejo un ejemplo en formato LyX 2.0 (debéis cambiar la extensión de odt a lyx) y en PDF.