Si necesitas añadir alineamientos de nucleótidos o proteínas en tu documento LaTeX, TeXShade es tu paquete. La manera de trabajar con este paquete es muy sencilla:
En el preámbulo añadimos el paquete con esta línea:
\usepackage{texshade}
En el cuerpo del documento añadimos los comandos, donde introducimos la dirección del fichero del alineamiento en formato FASTA, y seguidamente algunas características que queremos que aparezcan en la edición del alineamiento:
\begin{texshade}{/direccion/del/fichero/gb.fas}
\feature{ttop}{1}{1..528}{bar:conservation}{}
\showfeaturestylename{ttop}{conservación}
\end{texshade}
Esto es parte del resultado, en mi caso lo he combinado con el paquete landscape para que las páginas que son ocupadas por el alineamiento estén apaisadas.
Más información | Manual TeXShade
Un Bioinformatiquillo 