Me pasó cuando estaba añadiendo los cuadros de terminal en la versión pdf del Manual LyX con «L» de LaTeX con el paquete listings. Las líneas que eran excesivamente largas no sufrían un salto de carro y la línea desaparecía al final del margen. Haciendo click con el derecho a parecen un menú con opciones que te corrige esto. Sin embargo, ya había editado más de la mitad de los cuadros y modificar uno por uno la configuración de cada cuadro se me hacía un poco pesada. Además, la filosofía que me movió a trabajar con LaTeX y LyX fue la de que los ordenadores están para servirnos a nosotros y no al contrario, así que había que usar una vía que me ahorrara tiempo y esfuerzo.
La solución que se me ocurrió fue muy rápida: consistía en abrir el archivo LyX con el editor Gedit para hacer una búsqueda que me reemplazase las líneas erróneas por las correctas (importante recordar que LyX tiene un formato propio de documento distinto a LaTeX).
De este modo, se pueden hacer correcciones masivas de configuración en varios párrafos casi sin despeinarte.
Un Bioinformatiquillo 
Hola, estoy muy intresado en eso pero la verdad es qe no entiendo bien como lo haces con GEDIT, podrias explicarlo mejor??? gracias… respondeme a mi coreo por favor…