f1lt: Live timing de la Formula1 para que no te pierdas detalle de los tiempos

Comienza la temporada de Formula1 2013. En estos momentos se está disputando la eterna clasificación del GP de Australia 2013, así que he aprovechado para escribir este post. Si no te quieres perder detalle de cómo transcurre un GP, especialmente de la carrera, recomiendo utilizar alguna aplicación para seguir el live timing. Es algo que he descubierto gracias a podcast como GPCast, KeepPussing o SafetyCast.

En concreto, os recomiendo utilizar F1LT porque además del live timing convencional, para todas las sesiones de un GP puedes seguir los tiempos de un piloto en concreto o realizar comparativas entre ambos. Además permite grabar los datos para disfrutarlos de nuevo en diferido. Para conocer más características, podéis visitar la web del proyecto. Agradezco desde aquí al gran @DPlazaV por darme a conocer la aplicación vía Twitter.

Para instalarlo en primer lugar debes descargarte la fuente de F1TL desde este enlace o si prefieres instalar la última versión puedes clonar los repositorios de git:

$ sudo apt-get install git # en caso de que no tengas instalado git

$ git clone https://pieczaro@code.google.com/p/f1lt/

Una vez tenemos el código fuente debemos instalar los paquetes para compilar y después instalar la aplicación:

$ sudo aptitude install qmake libqt4-dev # en caso de que no tengas instalados los compildores

$ cd f1lt

$ qmake

$ make

$ sudo make install

Si durante el proceso no ha dado un error deberíamos tener F1LT instalado. Para arrancar ejecutamos:

$ f1lt

Aparecerá la ventana de la aplicación pero solo podremos disfrutar de los timing antiguos que tiene archivados. Para poder utilizar del LIVE timing, es decir, de los tiempos en DIRECTO, debemos registrarnos en la página de Live Timing oficial de F1, puesto que la aplicación descarga los datos que se ofrecen desde allí y nos lo presenta en la interfaz. Una vez registrados, debéis introducir vuestro usuario y contraseña en el menú File >> Login. Además, para que la aplicación conecte automáticamente cada vez que la iniciamos marcamos la casiila Tools >> Preferences >> Connect to LT server automatically after application start.

Con esto debería ser suficiente para tener el timing en directo cuando se esté disputando una sesión.

Nos leemos en el próximo post.

Integrando hojas de cálculo en LyX

Hace unos días recibí un correo de un lector del blog preguntado por cómo incluir en un fichero LyX los datos contenidos en una hoja de cálculo. De este modo, las modificaciones en la hoja de cálculo van a modificarse en el fichero LyX pertinentemente. Me ha parecido de gran utilidad y me ha parecido tan sencillo que no he podido evitar escribir un post al respecto. Gracias

Este manual sirve tanto para hojas de calculo *.gnumeric, *.ods y *.xls pero requiere del conversor ssconvert, que está distribuído con la genial hoja de cálculo Gnumeric. Así que lo primero es instalar Gnumeric.

$ sudo apt-get install gnumeric

Seguidamente, abrimos LyX y en Insertar >> Archivo >> Material externo y seleccionamos en el diálogo la plantilla “GnumericSpreadsheet”. Después sólo nos quedará añadir la ruta de nuestra hoja de cálculo y aceptar.

En el lugar del documento aparecerá un cuadro gris que corresponde a la hoja de cálculo y cuando compilemos el documento, quedará inclíuda una tabla en nuestro documento. Es cierto que presenta algunas limitaciones de formato, pero pienso que para tablas sencillas o también  preeliminares, puede venir genial. Para tener más libertad de formato, siempre podemos copiar las celdas en la hoja de cálculo y pegarlas dentro de una tabla creada con el pegado especial de LyX pulsando Ctrl + Mayus + v.

Interesante y útil tutorial. Con LyX, naturalmente.

Fuente | WikiLyX

mmv: Renombrar masivamente por consola

La vida es compleja, pero con Linux resulta más simple.

Quería renombrar masivamente una serie de ficheros cuyo nombre era: 1-A1-M13F.ab1, 1-A2-M13F.ab1,… y 2-A1-M13R.ab1, 2-A2-M13R.ab1,… Para quitarle los dos primeros caracteres, quedándose respectivamente: A1-M13F.ab1, A2-M13F.ab1,… y A1-M13R.ab1, A2-M13R.ab1,…

Googleando un poco encontré una aplicación que se ejecuta por consola y se llama mmv. Para instalarla, tecleamos:

$ sudo aptitude install mmv

Y los comandos que utilicé para resolver mi problema fueron:

$ mmv “1-*” “#1″

$ mmv “2-” “#1″

Así de sencillo, así de Linux.

¡LyX 2.0 Liberado! Novedades e instalación

Este es un momento que se repite con poca freuencia, así que hay que darle la importancia que se merece. Han pasado más de dos años después del lanzamiento de la versión 1.6 de LyX y ya disponemos de una nueva. Acaba de ser liberado LyX 2.0, celebrando así los 15 años del proyecto para convertirse en un software serio, sólido y maduro. Con esta nueva versión se han añadido numerosas funciones entre las que destacan:

1. Nuevo panel que muestra el progreso de la compilación y salida de programas externos
2. Previsualización instantánea basada en el paquete preview
3. Revisión ortográfica ‘al vuelo”
4. Diccionario de sinónimos con soporte multilingüe [Tutorial]
5. Búsqueda avanzada con consideración de formato
6. Búsqueda hacia atrás – saltando directamente de una línea particular en LyX a la salida DVI/PDF
7. Función de comparación de documentos.
8. Menús de resaltado textual
9. Soporte para XHTML
10. Soporte para múltiples índices
11. Soporte para XeTeX
12. Mejor control de las salidas
13. Soporte nativo para \includeonly para compilar subdocumentos seleccionados
14. Soporte para más paquetes y comandos LaTeX (\phantom, \makebox, \nameref, ulem, lettrine, …)
15. Soporte para el paquete refstyle en lugar de  prettyref
16. Soporte para más lenguajes (Suizo y Turco) y codificaciones (applemac)
17. Mejoradas características para las ramas
18. Soporte para tablas mejorado
19. Nuevas características de tamaño
20. Mejor soporte para el color
21. Soporte para argumentos requeridos
22. Nuevas características para el control de versiones
23. Soporte para notación musical mediante Lilypond
24. Módulo Noweb para escribir código fuente en LaTeX
25. Herramienta para soporte de R con Sweave

Si actualizas a Ubuntu 11.04, dispondrás de la versión 2.0rc3, pero si quieres la versión final, puedes instalarla compilando o desde repositorios.

Sin duda una genial noticia. Esperesmos que el proyecto siga con tan buena salud.

[Bioinformática] Convertir entre formatos de lecturas de secuenciación masiva: SRA, FASTQ y FASTA

Esta tarde me ha dado por curiosear cómo se utilizan ciertos programas para ensamblar lecturas de secuenciación masiva, concretamente obtenidas con Illumina y que se encuentran en bases de datos. Concretamente quería correr SOAPdenovo. No por nada, solo por curiosidad, pues la ejecución de software para este fin requiere de máquinas con muchos recursos. El caso es que como formato de entrada me pedía FASTQ y sin embargo me los descargué en SRA.

Es muy sencillo, si sabes cómo, realizar esta operación. Basta con ir a la página descargas de SRA Toolkit y obtener la versión para Ubuntu. Tras descomprimir, abrirmos un terminal en la carpeta y  ejecutamos fastq-dump de la siguiente manera (no es necesario instalar nada):

$ ./fastq-dump -A SRRxxxxxx -M 0 - -split-files /ruta/fichero/SRRxxxxxx.sra

Así, después de un rato de procesamiento, obtendremos un fichero FASTQ.

Este es un fichero que puedes abrir un cualquier editor de textos (por ejemplo gEdit), pero si quieres pasarlo a formato FASTA, puedes pedir que te ayude BioPython. Si no lo tienes instalado:

$ sudo aptitude install python-biopython

Ejecutamos el interprete python (o ipython mejor) y ejecutamos el comando para convertir el formato del fichero:

$ python
>>> from Bio import SeqIO
>>> SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.fasta", "fasta")


Con esto debería bastar. Hala, ya tenemos nuestros ficheros con gigas de información para ser analizados. Pero hoy ya estoy muy cansado…

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ACTUALIZACIÓN 19/05/2011

Script Python para automatizar conversión FASTQ a FASTA a partir de una lista de ficheros.

from Bio import SeqIO

seq = open("files.txt", "r").readlines()

for line in seq:
    a = list(line)
    b = a[:-1]
    c = "".join(b)
    print "Empezando %s" % c
    SeqIO.convert(c, "fastq", c+".fas", "fasta")
    print "Terminado %s, a por el siguiente!!!" % c

print "TODO FINALIZADO"

Solucionar problemas con tarjetas ATI y Nvidia en Ubuntu 11.04 Natty Narwhal

No lo he probado, pero aquí dejo dos enlaces que puede ser de utilidad si tienes problemas con tu tarjeta gráfica:

• http://www.ubuntizandoelplaneta.com/2011/04/nuevos-driver-amd-catalyst-114-y.html
• http://ubuntulife.wordpress.com/2011/05/01/solucionar-problemas-con-las-tarjetas-nvidia-en-ubuntu-11-04-natty-narwhal/

Después de instalar Ubuntu 11.04 Natty Narwhal

Aquí pongo una lista de tres enlaces con tareas que se recomiendan hacer después de una instalación limbia de Ubuntu 11.04:

• http://ubuntulife.wordpress.com/2011/04/29/despues-de-instalar-natty-3-cosillas/
• http://ubunteate.es/que-hacer-despues-de-instalar-ubuntu-11-04
• http://www.portalubuntu.com/p/despues-de-instalar-ubuntu.html

Espero que os sean de utilidad.

Wellcome to Vim

Hoy, a las 18:00 en el aula 0.7 de la ETSIIT (UGR) tendrá lugar una Flame War entre Emacs y Vim. A riesgo de parecer un cobarde, me voy al bando de los que van ganar, al de Vim . Para calentar el enfrentamiento dejo el primer vídeo de la serie que Derek Wyatt dedica al fantástico editor (en inglés).

Script de Nautilus para ver diferencias entre archivos con Meld

Fuente: UbuntuLife

Útil script para ver diferencias entre archivos usando Meld seleccionando los archivos que quieres comparar desde Nautilus. Para usarlo copia el siguiente código (y dale permisos de ejecución) con el nombre “Comparar mediante Meld” a tu carpeta $HOME/.gnome2/nautilus-scripts

#!/bin/bash

# Author: Marius Scurtescu
#         http://marius.scurtescu.com
#
# Copyright: (c) Marius Scurtescu
# License: GNU GPL (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html)
#
# Dependencies: Nautilus, meld
#
# Install:
#  - copy to ~/.gnome2/nautilus-scripts/
#
# Usage:
#  - select 1 (a cvs/svn managed file or folder), 2 or 3 (for 3 way comparison) files in Nautilus
#  - right click the files and select Scripts / Diff
#
# Version 1.0, November 16, 2005
# first public release
#

if [ -z `which meld` ] ; then
    zenity --error --text="meld not found!

Please install meld."
    exit 1
fi

if [ $# -eq 0 ] ; then
    meld .
    exit
fi

meld $1 $2 $3

Enlace | code.google.com

Navegación anónima con Tor, Polipo, Vidalia y Torbuttom

Resulta que quería obtener un certificado de homeópata para echarme unas risas con Vicente. Si visitas desde España esta web no te deja entrar en el cuestionario. Con este tutorial conseguí hacerlo y obtener mi ansiado certificado.

Fuente: SliceOfLinux

Cada vez que accedemos a una página web, ésta conoce detalles como nuestra dirección IP, el nombre de nuestra máquina, la página desde la que procedemos y, a veces, incluso nuestra dirección de correo electrónico. Haz la prueba visitando Criptonomicón.

Sin embargo, en este artículo vamos a intentar mejorar nuestra privacidad instalando una serie de programas que nos ayudarán a navegar anónimamente por Internet. Los programas que vamos a usar son los siguientes:

• Tor (The onion router) es un proyecto de software libre y una red abierta que nos ayuda a defendernos contra cualquier tipo de análisis de tráfico permitiéndonos navegar de libremente y de forma anónima. Para conocer como funciona no dejes de leer estos artículos: ¿Cómo funciona TOR? y Enfoque en Tor.
• Polipo: proxy HTTP de caché, que maneja SOCKS4a, lo que evita que Firefox envíe las solicitudes de DNS por fuera de la red Tor, poniendo en peligro el anonimato. También acelera la navegación usando la red Tor.
• Vidalia: interfaz gráfica para configurar Tor. Muy útil y fácil de manejar.
• Torbutton: extensión de Firefox que nos permite habilitar/deshabilitar la navegación usando Tor.

Sin duda lo mejor será ponernos manos a la obra con unos pasos bien sencillos o instalarlo todo en una línea:

1. Añadimos los repositorios de Tor ejecutando el siguiente comando en un terminal (Aplicaciones > Accesorios > Terminal):
   echo deb http://deb.torproject.org/torproject.org $(lsb_release -cs) main | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/torproject.list
2. Incluimos la clave del repositorio que acabamos de agregar:
   gpg --keyserver keys.gnupg.net --recv 886DDD89 && gpg --export A3C4F0F979CAA22CDBA8F512EE8CBC9E886DDD89 | sudo apt-key add -
3. Actualizamos los repositorios:
   sudo aptitude update
4. Instalamos Tor en Ubuntu (se instalará también, entre otros, Polipo):
   sudo aptitude install tor tor-geoipdb
5. Instalamos Vidalia:
   sudo aptitude install vidaliaDurante la instalación de Vidalia se nos preguntará si queremos que sea Vidalia quien se encargue del arranque de Tor. Lo mejor es contestar Yes (and disable it for every boot) si queremos controlar con Vidalia el uso de Tor. De esta forma Tor se iniciará sólo cuando ejecutemos Vidalia. De forma que si no pensamos usar Tor cada vez que nos conectemos a Internet, es una muy buena opción. Pero cada uno que seleccione lo que se adapte a su circunstancia.
6. Descargamos el archivo de configuración de Polipo para usarlo con Tor:
   wget https://svn.torproject.org/svn/torbrowser/trunk/build-scripts/config/polipo.conf
7. Hacemos una copia de seguridad del archivo de configuración de original de Polipo:
   sudo cp /etc/polipo/config{,.original}
8. Reemplazamos el archivo de configuración de original por el descargado:
   sudo mv polipo.conf /etc/polipo/config
9. Reiniciamos Polipo con el siguiente comando:
   sudo service polipo restart
10. Ejecutamos Vidalia para iniciar Tor y comprobar que todo se ha instalado correctamente. Para esto hacemos clic en el menú Aplicaciones > Internet > Vidalia.
11. Vidalia intentará iniciar Tor automáticamente y si todo ha ido bien veremos la siguiente ventana:Cada uno que investigue por su cuenta las opciones de Vidalia. La que sin duda más utilizaremos será la de Usar una nueva identidad.
12. Ahora vamos a instalar el TorButton. Para eso vamos a la siguiente página web: www.torproject.org/torbutton.
13. En la parte superior veremos un mensaje de Firefox en el que se nos indica que ha evitado que se instale el Torbutton, pero como nosotros queremos instalarlo tenemos que pulsar el botón Permitir.
14. A continuación, en la ventana que nos aparece tenemos quehacer clic sobre Instalar ahora.
15. Una vez se haya instalado tenemos que Reiniciar Firefox.
16. Al reiniciar Firefox se abrirá automáticamente la ventana que complementos para indicarnos que se ha instalado uno nuevo y la cerramos sin más.
17. Una vez tenemos todo instalado tenemos que comprobar que estamos usando Tor. Así que accedemos a la siguiente página web: https://check.torproject.org/?lang=es.
18. Como tenemos Tor desactivado, la página nos lo mostrará directamente. Para activarlo hacemos clic en el botón que hay en la parte inferior derecha con el nombre Tor desactivado.
19. Una vez habilitado, recargamos la página o volvemos a acceder a la web https://check.torproject.org/?lang=es para comprobar que estamos usando Tor.
20. Sin embargo, para poder disfrutar de una navegación anónima real tienes que prestar especial atención a esta lista de elementos que nos propone el proyecto Tor.

Además ofrecernos una navegación anónima, Tor nos permite saltarnos filtros de contenido como Dansguardian, SquidGuard y otros por el estilo.

Lamentablemente, no estás usando Tor.