Instala WordPress en tu espacio de la UGR

Gracias a Ángel conocí la posibilidad de poder instalar WordPress en el espacio web que ofrece la UGR a sus trabajadores. En primer lugar debes tener una cuenta de correo xxxx@ugr.es y después darte de alta en el servicio indicando tus datos en esta página. Suelen tardar menos de un día, pero mientras te dan de alta, puedes continuar con el tutorial para dejarlo todo preparado.

El CSIRC explica cómo instalar cierta aplicaciones entre las cuales se encuentra WordPress desde esta página. Sin embargo, a ratos resulta ambiguo para los poco hábiles en el tema y en otros erróneos por falta de actualización, por lo que considero necesario un manual que explique el procedimiento de forma algo más sencilla y detallada. Allá vamos:

1. Descarga y descomprime la versión de WordPress 3.0.5
2. Descarga la versión 2.7.o del plugin PDO para acceder a bases de datos SQLite. Descomprime el plugin directamente dentro de la carpeta worpress/wp-content, que debe contener esta estructura de archivos:
   db.php
index.php
languages
pdo
plugins
readme.txt
themes
3. Crea dentro de wordpress/wp-content el directorio database
4. Copia el fichero wordpress/wp-config-sample.php y guárdalo con el nombre wp-config.php en esa misma carpeta. Ábrelo con un editor de ficheros (por ejemplo Vim o gEdit). Busca la línea define(‘DB_COLLATE’, ”); y en la siguiente añade la línea define(‘DB_TYPE’, ‘sqlite’); . Si lo prefieres, puedes cambiar el nombre de tu base de datos, modificando la línea define(‘DB_NAME’, ‘nombredetubasededatos’);
5. Guarda este fichero (nombredetubasededatos.sqlite) que es una base de datos vacía en el directorio database que anteriormente creaste. En el caso de que en el paso anterior hayas cambiado el nombre de tu base de datos, debes cambiar el nombre del fichero antes de la extensión por el nombre nuevo.
6. Ya tenemos preparada nuestra carpeta wordpress con todo el contenido necesario para para subirla a nuestro espaco wdb de la UGR en el caso de que nuestra solicitud de activación haya sido considerada. Para ello podemos utilizar un programa como Filezilla (puedes instalarlo desde repositorios). Lanza filezilla y edita cada campo con la información correspondiente (EN MAYÚSCULA, AQUELLO QUE DEBES CAMBIAR). Host: ftpwdb.ugr.es | Username: TUNOMBREDEUSUARIO | Password: TUCONTRASEÑA. Y después pulsa el botón “Quickconnect”.
7. Esto debería ser suficiente para conectar con el servidor. En el panel de la izquierda tenemos nuestro sistema de ficheros local, mientras que en el de la derecha veremos el sistema de ficheros del servido wdb. Abrimos a la derecha la carpeta public_html y a la izquierda seleccionamos la carpeta wordpress que hemos editado y hacemos clic con el botón derecho del ratón para subir la carpeta. En este caso tendrás WordPress en el dominio http://wdb.ugr.es/~usuario/wordpress. Si alternativamente prefieres tener wordpress bajo el dominio http://wdb.ugr.es/~usuario/, simplemente sube el contenido de la carpeta wordpress dentro de public_html.
8. Cambia los permisos de los ficheros o carpetas que acabas de subir al servidor wdb. Para conocer mejor cómo están codificados, visita este enlace. Primero da permisos 775 a todos los ficheros. Para ello selecciónalos y haciendo clic con el botón derecho selecciona “File permissions…”. En el cuadrante “Numeric Value” escribe 775 e indica que se aplique recursivamente en todos los directorios y ficheros. Del mismo modo da permisos 777 a todo el contenido de wp-content/database y permisos 666 al fichero *.sqlite
9. Abre tu navegador y abre la dirección http://wdb.ugr.es/~usuario/wordpress/wp-admin/install.php. La página te dará las indicaciones para instalar WordPress.

Y esto es todo. Accediendo a http://wdb.ugr.es/~usuario/wordpress, podremos acceder a nuestro blog recién instalado.

Hasta el próximo tuto.

Comando para buscar carpetas o ficheros mayores de un tamaño determinado

Pues eso. Un comando vale más que mil palabras

find . -type f -size +50000k -exec ls -lh {} \; |
awk ‘{ print $9 “: ” $5 }’ | less

Ejecutando código R con Sweave en LyX 2.0

El progreso de LyX es imparable. Una de las novedades que trae la nueva versión 2.0 de es el soporte integrado de Sweave para ejecutar código R. Para versiones 1.6 o inferiores, así era la configuración. Sin embargo, ahora se ha facilitado mucho el procedimiento.

Si tenemos instalado R, abrimos LyX 2.0 y nos vamos a Documento >> Configuración >> Módulos >> Disponibles y añadimos el módulo “Sweave”. Aceptamos y en el menú de entornos tenemos al final uno denominado “Trozo” englobado en el tipo Sweave. Bajo este entorno escribiremos el código R/Sweave deseado y al compilarlo se insertará en nuestra salida PDF.

¿Ya está? Pues no os dije que era más fácil. Aquí dejo un ejemplo en formato LyX 2.0 (debéis cambiar la extensión de odt a lyx) y en PDF.

 

 

Ubuntu 11.10 “Oneric Ocelot” liberado

De nuevo, tras los 6 meses de rigor, tenemos una nueva versión de Ubuntu.

Aunque un poco tarde en este post recopilo enlaces interesantes para acostumbrarnos lo mejor y más rápidamente posible a las novedades que trae consigo.

• Banners oficiales: NovatillaEnApuros
• Novedades: ElSoftwareLibre, NovatillaEnApuros, NoSinMiUbuntu
• Instalación: UbuntizandoElPlaneta
• Actualización: UbuntuLife
• Cosas que hacer después de instalar Ubuntu 11.10: LaMáquinaDiferencial
• Instalar Gnome Shell y Gnome clásico: UbuntuLife
• Impresiones: ElMundoSegúnLinux [1] y [2]
• Encuesta: UbuntuLife

Vídeo: ¿Qué hace a Ubuntu 11.10 interesante?

Vídeo: Instalación de Ubuntu 11.10

Compilando r8s en Ubuntu 8.04

No te preocupes, no has retrocedido 3 años en el tiempo. Este tutorial sirve para compilar un software de datación de filogenias llamado r8s. Hay que decir que la última versión 1.71 fue lanzada como en 2006 y que los compiladores que requiere están obsoletos y no se encuentran para versiones recientes, al menos, para Debian/Ubuntu. Por este motivo, probé a compilar en una versión antigua de Ubuntu, la 8.04 LTS “Hardy Heron”. Me bajé la imagen ISO de la distribución y la instalé en VirtualBox. Una vez dentro de Ubuntu 8.04 me descargué el código de r8s v1.71. Con esto sobre el escritorio, comienza el manual:

1. Instalar el paquete “atool” y descomprimir el fichero:

$ sudo aptitude install atool

$ aunpack r8s1.7.dist.tar.Z

2. Instalamos compiladores de Fortran. No sé cuáles de ellos son estrictamente necesarios, en mi caso instalé los siguientes paquetes:

$ sudo aptitude install libg2c0-dev cfortran fortran77-compiler fortran95-compiler g77

3. En la carpeta que anteriormente descomprimimos, nos dirigimos a el subdirectorio “src” y compilamos:

$ cd r8s1.71/src

$ make

Si no da ningún mensaje de error, debería de estar compilado. Para comprobar que el proceso ha transcurrido correctamente, podemos ejecutar r8s:

$ ./r8s

Y debería de aparecernos un prompt consistente en “r8s>”.

Bueno, ahora queda entender cómo funciona. pero eso ya será en otro episodio.

Configurando y añadiendo plugins a UZBL

Una vez que hemos instalado UZBL, vamos a configurar.

1) Los ficheros de configuración de Uzbl van en ~/.config/uzbl/, el propio programa crea ese directorio cuando lo ejecutas por primera vez.

2) La historia, las cockies, los scripts, etc. van en ~/.local/share/uzbl/. Y los scripts van en ~/.local/share/uzbl/scripts/.

3) El fichero de configuración principal se llama config, y está en ~/.config/uzbl/. En él están definidos todos los atajos de teclado, y prácticamente todo el comportamiento de Uzbl. Es posible crear otro fichero, por ejemplo uzbl.name, en el que se cambian algunas cosas, por ejemplo, añadir algunos atajos para diccionarios, wikis, etc. (ver abajo). Para que lo lea, en la última linea de config añadimos:

include /home/name/.config/uzbl/config.name

Y listo.

#
# === Keyboard bindings ======================================================

# With this command you can enter in any command at runtime when prefixed with
# a colon.
#@cbind    :_        = %s

# --- Page movement binds ---
#@cbind  j            = scroll vertical 20
#@cbind  k            = scroll vertical -20
#@cbind  h            = scroll horizontal -20
#@cbind  l            = scroll horizontal 20
#@cbind  <Page_Up>    = scroll vertical -100%
#@cbind  <Page_Down>  = scroll vertical 100%
#@cbind  <<           = scroll vertical begin
#@cbind  >>           = scroll vertical end
#@cbind  ^            = scroll horizontal begin
#@cbind  $            = scroll horizontal end
#@cbind  <Space>      = scroll vertical end

# Para que espacio avance por pantallas y no salte al final de la página
@cbind  <Space>      = scroll vertical 100%

# --- Navigation binds ---
#@cbind  b   = back
#@cbind  m   = forward
#@cbind  S   = stop
#@cbind  r   = reload
#@cbind  R   = reload_ign_cache

# --- Zoom binds ---
#@cbind  +   = zoom_in
#@cbind  -   = zoom_out
#@cbind  T   = toggle_zoom_type
#@cbind  1   = set zoom_level = 1.0
#@cbind  2   = set zoom_level = 2.0

# --- Appearance binds ---
#@cbind  t   = toggle_status

# --- Page searching binds ---
#@cbind  /*  = search %s
#@cbind  ?*  = search_reverse %s
# Jump to next and previous items
#@cbind  n   = search
#@cbind  N   = search_reverse

# Para que al abrir una nueva página no vuelva a abrir la web de Uzbl, sino una en blanco
@cbind  w            = event REQ_NEW_WINDOW about:blank

# Para abrir mi página local con enlaces con el atajo 'ga'
@cbind  ga = uri file:///home/ama/.config/uzbl/ama.html

# --- Web searching binds ---
@cbind gg<Google:>_         = uri http://www.google.com/search?q=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\awiki<Archwiki:>_  = uri http://wiki.archlinux.org/index.php/Special:Search?search=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\wiki<Wikipedia:>_=uri http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Special:Search&search=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\wike<Wikipedia:>_=uri http://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Special:Search&search=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\aweb<AllTheWeb:>_  = uri http://www.alltheweb.com/q=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\arc<Archive.org:>_  = uri http://www.archive.org/search.php?query=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\dic<dictionary.com:>_  = uri http://www.dictionary.com/browse/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\abbr<abbreviations.com:>_  = uri http://www.abbreviations.com/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\ext<filext.com:>_  = uri http://filext.com/file-extension/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\dthes<thesaurus.com:>_  = uri http://thesaurus.com/browse/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\aurb<urbandictionary:>_  = uri http://www.urbandictionary.com/define.php?term=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\cald<CALD:>_  = uri http://dictionary.cambridge.org/search/british/?q=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\def<Definitions.net:>_  = uri http://www.definitions.net/definition/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\drae<DRAE:>_  = uri http://buscon.rae.es/draeI/SrvltConsulta?TIPO_BUS=3&LEMA=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\abio<b10:>_  = uri http://bioinfo10.ugr.es:4080/\@
@cbind \\clave<clave:>_ = uri http://clave.librosvivos.net/\@
@cbind \\conj<Conjugate:>_ = uri http://www.wordreference.com/conj/ESverbs.asp?v=\@<encodeURIComponent(%r)>\@

# --- article_queue binds ---

@cbind    qpu             = spawn @scripts_dir/article_queue.py push
@cbind    qpo             = spawn @scripts_dir/article_queue.py pop
@cbind    qp _            = spawn @scripts_dir/article_queue.py pop %s
@cbind    qap             = spawn @scripts_dir/article_queue.py append
@cbind    qsh             = spawn @scripts_dir/article_queue.py shift
@cbind    q>              = spawn @scripts_dir/article_queue.py forward
@cbind    qx              = spawn @scripts_dir/article_queue.py forward
@cbind    q<              = spawn @scripts_dir/article_queue.py back
@cbind    qz              = spawn @scripts_dir/article_queue.py back
@cbind    ql              = spawn @scripts_dir/article_queue.py list

@cbind    del         = js javascript:(function(){f='http://delicious.com/save?url='+encodeURIComponent(window.location.href)+'&title='+encodeURIComponent(document.title)+'&v=5&';a=function(){if(!window.open(f+'noui=1&jump=doclose','deliciousuiv5','location=yes,links=no,scrollbars=no,toolbar=no,width=550,height=550'))location.href=f+'jump=yes'};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent)){setTimeout(a,0)}else{a()}})();

# === Post-load misc commands  ===============================================

# Set the "home" page. Cambiada a mi página local de enlaces.
set uri = file:///home/ama/.config/uzbl/ama.html

Pyploma: Generador de diplomas en LaTeX a partir de una lista de datos

ACTUALIZACIÓN 14/9/2012: He desarrollado una versión de Pyploma con GUI. Si estás interesado en probarla, visita el repositorio del proyecto en Github.

Durante los últimos meses he participado en la organización de un ciclo de conferencias en la facultad. Una vez finalizado y tras la evaluación de los asistentes era el momento de realizar los diplomas. Los habituales lectores de este humilde blog ya sabréis que soy amante de las soluciones elegantes, así que me lancé a escribir un programita que generara los diplomas en formato LaTeX de forma automática y luego los compilara a pdf.

Pyploma es un script que, por supuesto, está escrito en python que coge un fichero LaTeX que contiene unos marcadores comentados y añade una serie de datos para cada entrada de una lista de datos. Aunque está originalmente pensado para generar diplomas, sustituyendo el dichero LaTeX podría servir para autorrellenar cualquier otro tipo de documento, incluso si está escrito en otro lenguaje.

Para que compile a pdf necesita tener instalado LaTeX y para unir los pdfs en un fichero depende de pdftk. No obstante estas funciones son opcionales y pueden comentarse en el script.

Hacerlo funcionar es tan sencillo como modificar en el script el nombre de la plantilla LaTeX y el de la lista de datos. Después escribir:

$ python pyploma.py

Y listo. Parece magia, pero no, es Python. Para ver el resultado, esta es la salida.

Si quieres descargar la plantilla LaTeX, la lista de datos y el script, sigue este enlace.

Plantilla LaTeX

\documentclass[12pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[spanish]{babel}
\usepackage{mathpazo}
\renewcommand{\familydefault}{\rmdefault}
\usepackage[landscape,a4paper]{geometry}
\geometry{verbose,tmargin=0cm,bmargin=0cm,lmargin=0cm,rmargin=0cm}
\usepackage{fancybox}
\usepackage{calc}
\usepackage{multicol}
\usepackage{graphicx}

\begin{document}
~
\vspace{1cm}
\begin{center}

\huge{Un Bioinformatiquillo (http://bioinformatiquillo.wordpress.com)\\ certifica que}

\vspace{1cm}

\Huge{\textbf{%pointname

}}

\vspace{1cm}

\Large{con D.N.I. no.%pointdni

ha asistido y superado los estudios\\ con una califiaci\'on de %pointcalification

en el}

\vspace{1cm}

\Huge{\textbf{I CURSO DE REALIZACIÓN DE DIPLOMAS CON PYPLOMA}}

\vspace{1cm}

\Large{celebrado el 6 de julio de 2011 vitualmente en el blog, con una duraci\'on de un ratillo}

\vspace{.5cm}

\Large{Y para que as\'i conste se expide el siguiente certificado en el ciberespacio a \today.}

\vspace{.5cm}

\begin{multicols}{3}

\small Delegado de asusntos LaTeros\\
\vspace{3cm}
León Delátex Pérez
%\vspace{1cm} 

Director de Pythonismo\\
\vspace{3cm}
Ser Piente Grande
%\vspace{1cm} 

El/La Alumno/a\\
\vspace{3cm}
~~~~~~~~~~

\end{multicols}

\tiny El blog Un Bioinformatiquillo, con domicilio en el Vía Láctea s/n

\end{center}
\end{document}

Script en Python

Periquillo de los Palotes	00000001-A	NOTABLE
Rodolfo Chiquilicuatre	000000002-B	SOBRESALIENTE
Chavo del Ocho	00000003-C	APROBADO

Script en Python

# -*- coding: utf-8 -*-
# Este generador de diplomas lee una lista con nombre, dni y calificación para
# rellenarlos en una plantilla LaTeX con un marcador para cada campo.
# Opcionalemente compila los ficheros LaTeX generados y los une en uno solo.
# Si la plantilla LaTeX da error de compilación, pulsar intro varias veces.

print "Pyploma: Generador de diplomas en formatos LaTeX y pdf.\n"

# Invocar al terminal
from commands import *
import commands
def run_command(cmd):
    getstatusoutput(cmd)

# Cargar lista de nombres
lista = open("listadip", "r").readlines()

#contador
a = 100

for line in lista: # para cada persona...

    a += 1 #contador
    b = str(a) #pasa el contador a cadena
    salida = open("output" + b + ".tex","w") # crea fichero LaTeX para cada persona
    person = line[0:-1].split("\t") # pasar la cadena en lista

    text = open("certi.tex") # abrir documento LaTeX
    text = text.read() # leer documento LaTeX
    text_list = list(text) # pasa a lista

    y_cali = text.find("%pointcalification") # busca marcador de calificación
    z_cali = len("%pointcalification")+1
    text_list[y_cali+z_cali:y_cali+z_cali] = list(person[2]) # inserta calificación

    y_dni = text.find("%pointdni") # lo mismo para el dni
    z_dni = len("%pointdni")+1
    text_list[y_dni+z_dni:y_dni+z_dni] = list(person[1])

    y_name = text.find("%pointname") # lo mismo para el nombre
    z_name = len("%pointname")+1
    text_list[y_name+z_name:y_name+z_name] = list(person[0])

    text_final = "".join(text_list) # de lista a cadena

    salida.write(text_final) # guarda los cambio en el fichero creado
    salida.close() # cierra el fichero creado

    run_command(str("pdflatex " + "output" + b + ".tex")) # compila el fichero LaTeX a pdf (opcional)
    print person[0] #control

run_command(str("pdftk output*.pdf cat output todos_diplomas.pdf")) # crea pdf con todos los diplomas creados (opcional)

print "\n¡FINAL DE LA OPERACIÓN!" #control

Liberar espacio con apt-get

Fuente: UsemosLinux

Cuando hay problemas de espacio, y el mismo sistema te avisa de ellos, tal vez es hora de hacer una limpieza de la carpeta /var/cache/apt/archives, en la que se guardan los paquetes necesarios para instalar programas y aplicaciones. Para saber cuánto espacio están ocupando estos archivos, puedes correr en consola el siguiente comando:

$ du -sh /var/cache/apt/archives

Para recuperar el espacio, se utilizan los siguientes comandos:

$ sudo apt-get autoclean

Elimina del cache los paquetes .deb con versiones anteriores a los de los programas que tienes instalados.

$ sudo apt-get clean

Elimina todos los paquetes del cache. El único inconveniente que podría resultar es que si quieres reinstalar un paquete, tienes que volver a descargarlo.

$ sudo apt-get autoremove

Borra los paquetes huérfanos, o las dependencias que quedan instaladas después de haber instalado una aplicación y luego eliminarla, por lo que ya no son necesarias.

Instalar (actualizar a) Firefox 5 en Ubuntu 10.04 y 10.10

Tras 4 meses del lanzamiento del esperado Firefox 4, tenemos una nueva versión del navegador. En las versiones más recientes de las distribuciones basta con actualizar los repositorios, así es el caso de Ubuntu 11.04.

Si tienes una versión de Ubuntu anterior (10.04 o 10.10) no está en repositorios oficiales, por lo que es necesario instalar unos nuevos. Abrimos una consola y ejecutamos:

$ sudo add-apt-repository ppa:mozillateam/firefox-stable

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get upgrade

Y listo.

mmv: Renombrar masivamente por consola

La vida es compleja, pero con Linux resulta más simple.

Quería renombrar masivamente una serie de ficheros cuyo nombre era: 1-A1-M13F.ab1, 1-A2-M13F.ab1,… y 2-A1-M13R.ab1, 2-A2-M13R.ab1,… Para quitarle los dos primeros caracteres, quedándose respectivamente: A1-M13F.ab1, A2-M13F.ab1,… y A1-M13R.ab1, A2-M13R.ab1,…

Googleando un poco encontré una aplicación que se ejecuta por consola y se llama mmv. Para instalarla, tecleamos:

$ sudo aptitude install mmv

Y los comandos que utilicé para resolver mi problema fueron:

$ mmv “1-*” “#1″

$ mmv “2-” “#1″

Así de sencillo, así de Linux.