Ubuntu 11.10 “Oneric Ocelot” liberado

De nuevo, tras los 6 meses de rigor, tenemos una nueva versión de Ubuntu.

Aunque un poco tarde en este post recopilo enlaces interesantes para acostumbrarnos lo mejor y más rápidamente posible a las novedades que trae consigo.

• Banners oficiales: NovatillaEnApuros
• Novedades: ElSoftwareLibre, NovatillaEnApuros, NoSinMiUbuntu
• Instalación: UbuntizandoElPlaneta
• Actualización: UbuntuLife
• Cosas que hacer después de instalar Ubuntu 11.10: LaMáquinaDiferencial
• Instalar Gnome Shell y Gnome clásico: UbuntuLife
• Impresiones: ElMundoSegúnLinux [1] y [2]
• Encuesta: UbuntuLife

Vídeo: ¿Qué hace a Ubuntu 11.10 interesante?

Vídeo: Instalación de Ubuntu 11.10

LyZ: LyX + Zotero por fin juntos para gestionar tu bibliografía

Llevo unos cuantos post dedicados a gestión bibliografía, especialmente utilizando LyX. También suelo recomendar la extensión de Firefox Zotero para crear una base de datos bibliográfica BibTeX. Durante una extensa búsqueda de nuevas referencias para tu trabajo, resulta muy incómodo estar exportando las nuevas referencias de Zotero a tu base BibTeX a través de tu gestor bibliográfico preferido y seguidamente introducirla en tu documento LyX.

Por suerte existe una extensión de Firefox llamada LyZ, que a su vez se integra en Zotero. Una vez configurado el servidor de nuestro LyX, abrimos la ventana de Zotero y debe aparecernos un botón llamado LyZ. Si pulsamos en “Settings” aparecerá una ventana donde escribir el directorio donde se aloja el servidor de LyX. Añadimos alguna cita y pulsamos en “Cite LyX”. Nos pedirá o bien crear una base de datos nueva, o bien añadir una anteriormente creada de modo que cada vez que pulsemos en “Cite LyX” no solo se insertará la cita en nuestro LyX, si no que también lo hará en nuestra base de datos bibliográfica.

Un tip de gran utilidad que va derechito al manual. Espero que pronto pueda sacarlo.

Gracias a Visesen por el comentario que me hizo dar a conocer esta fabulosa extensión.

[Bioinformática] Orthoptera Species File: Base de datos taxonómica de ortópteros

Amantes de los grillos y saltamontes, si queréis tener información taxonómica sobre vuestro orden de insectos preferido, no dudéis en visitar Orthoptera Species File en la siguiente dirección:

http://orthoptera.speciesfile.org/HomePage.aspx

Vuestros amigos os lo agradecerán.

Un cordial saludo.

[Bioinformática] Trabajando con cantidades genómicas de secuencias mediante Galaxy

Actualmente estoy aprendiendo a trabajar con secuencias del genoma humano. Como son cantidades ingentes de secuencias es necesario un software específico y, a ser posible, que te permita trabajar desde la web para que nuestro ordenador no inicie una combustión espontánea por sobrecarga . Para esta tarea estoy utilizando el software Galaxy, desarrollado por la universidad de Pennsylvania (EE UU) que integra multitud de herramientas para el análisis de genomas. Además tienen el software ejecutable desde un servidor al que se accede a través de esta web:

http://main.g2.bx.psu.edu/

En este minitutorial, explicaré cómo extraer secuencias Alu del genoma en formato FASTA. Primeramente nos registramos en el servidor para que recuerde nuestro trabajo (opcional), para ello nos dirigimos a la pestaña “User”. Una vez logueados comenzamos a trabajar.

1. Obtener datos del genoma. Nos dirigimos a Get Data >> UCSC Main table browser, y nos abrirá el buscador de la Universidad de California Santa Cruz. Aquí seleccionamos Genoma Humano, Ensamblaje de 2006 (actualmente está mejor anotado que el de 2009). Ahora seleccionamos el tipo de secuencia con la que queremos trabajar, en este caso Variation and Repeats y en track seleccionamos RepeatMasker como software rastreador de las secuencias. Después restringimos la búsqueda en Filter >> Edit >> RepName >> Alu*, y aceptamos haciendo clic en “Submit”. Seleccionamos como formato de salida BED. Iniciamos la búsqueda con “get output” y seguidamente “Send query to Galaxy”. Pasado un tiempo, en la barra lateral de la derecha de Galaxy se cargarán nuestros datos y podremos editar algunos atributos como el nombre algo importante para distinguirlo de las salidas en posteriores pasos. La salida es una tabla donde para cada secuencia nos indica el cromosoma donde se sitúa, el comienzo, el final, el nombre y la cadena en la que se dispone.
2. Calcular tamaño de la secuencia. Hemos obtenido más de 1.100.000 secuencias, cifra que es muy grande por lo que es interesante reducirla por ejemplo, filtrando según el tamaño. Sin embargo, esa es una información que no tenemos en los datos obtenidos, pero que podemos calcular a partir de las columnas de comienzo y fin de la secuencia. Para ello nos dirigimos a Text Manipulation >> Compute. En “Add Expression” indicamos que queremos restar el número de la columna 2 al número de la columna 3 con expresiones regulares, en este caso escribiremos “c3-c2″. Selecionamos el conjuto de datos en el que queremos que se aplique la operación y pulsamos “Submit”. Tras este paso tendremos un nuevo conjunto de datos con una columna adicional que postrará el resultado de la resta para cada secuencia.
3. Filtrar secuencias por tamaño. Vamos a ordenar las secuencias obtenidas según tamaño, para ello en Filter and Sort >> Sort data in ascending or descending order, seleccionamos el conjunto de datos e indicamos que queremos ordenar según “c7″. Así podemos hacer una estimación visual de a partir de qué tamaño nos interesa filtar, acción que se realiza en Filter and Sort >> Filter data on any column using simple expressions, seleccionamos conjunto de datos y añadimos la condición “c7 > 300″. Esto nos dará una tabla con las secuencias de un tamaño superiora 300bp.
4. Obtener secuencia en formato FASTA.Para obtener la secuencia propiamente dicha y exportarla a un fichero formato FASTA nos vamos a Fetch Sequences >> Extract Genomic DNA using coordinates from assembled/unassembled genomes, y tras seleccionar datos y formato FASTA, ejecutamos la aplicación y al tiempo tendremos otra serie de datos en la barra derecha. Para exportarla a nuestro equipo hacemos clic en el nombre del conjunto de datos y presionamos sobre el diskette para guardar estos datos. Finalmente tendremos en nuestro disco duro un fichero FASTA con las secuencias Alu de una tamaño superior a 300bp anotadas en el genoma humano ensamblado en 2006.

Esto es todo, espero que os haya interesado tanto como a mí. Hasta el próximo tutorial.

[Bioinformática] Ejecutar BLAST de manera local con base de datos propia

Una de las primeras herramientas bioinformáticas que aprendemos a usar es BLAST. Es un algoritmo que realiza comparaciones de una secuencia problema con una base de datos y nos devuelve como salida un alineamiento local de aquellas secuencias de la base de datos que presentan mayor similitud con la problema.

Muchos de vosotros habréis ejecutado BLAST desde la página de NCBI, enfrentando vuestra secuencia contra la base de datos de alguno de los organismo modelo más estudiados en genética o, si como yo estudiáis bichos raros, contra alguna genérica. También existen otras vías para ejecutar en remoto estas BLAST contra estas bases de datos fuera del navegador como, por ejemplo, instalando BLAST en local o con BioPython.

Pues bien, podemos ejecutar localmente BLAST de manera simple con una base de datos propia. Para ello, necesitamos instalar BLAST. En mi caso los he instalado desde los repositorios de Bio-Linux:

$ sudo aptitude install bio-linux-blast bio-linux-blast+

Seguidamente, creamos nuestra base de datos a partir de un fichero con secuencias en formato FASTA de la siguiente manera:

$ formatdb -i grasshoppers.fasta -p F -n ghoppers

Y una vez creada la base de datos, ejecutamos BLAST para que nos devuelva la salida en HTML:

$ blastall -p blastn -d ghoppers -i miseq.fasta -T -o output.html

Esta orden nos generará un fichero HTML con las puntuaciones y los alineamientos que podemos abrir con nuestro navegador preferido.

Y esto es todo, espero que haya sido de vuestro interés.

Más información | Bio-Linux

Gmediafinder: Buscar, Ver y Descargar vídeos de Youtube

Fuente: UbunTips

Bueno, el título no es tan exacto, ya que Gmediafinder puede descargar también otros archivos multimedia como mp3 y desde otros sitios, pero sin duda Youtube es de los sitios soportados el más conocido.

La aplicación cumple bien su cometido y es sencilla de usar, solo tenemos que ingresar la cadena de búsqueda, elegir donde buscar y el tipo de búsqueda (más relevantes, más descargados, etc.) Gmediafinder nos creará una lista de archivos en el panel izquierdo, donde podemos elegir ver o escuchar el archivo buscado o descargarlo a nuestra PC.

Hace apenas unas horas, se encuentra disponible en su PPA, la versión 0.9.4. Para poder instalar o actualizar a esta versión abrimos un Terminal y copiamos cada linea:

sudo apt-add-repository ppa:s-lagui/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install gmediafinder

Configurando y añadiendo plugins a UZBL

Una vez que hemos instalado UZBL, vamos a configurar.

1) Los ficheros de configuración de Uzbl van en ~/.config/uzbl/, el propio programa crea ese directorio cuando lo ejecutas por primera vez.

2) La historia, las cockies, los scripts, etc. van en ~/.local/share/uzbl/. Y los scripts van en ~/.local/share/uzbl/scripts/.

3) El fichero de configuración principal se llama config, y está en ~/.config/uzbl/. En él están definidos todos los atajos de teclado, y prácticamente todo el comportamiento de Uzbl. Es posible crear otro fichero, por ejemplo uzbl.name, en el que se cambian algunas cosas, por ejemplo, añadir algunos atajos para diccionarios, wikis, etc. (ver abajo). Para que lo lea, en la última linea de config añadimos:

include /home/name/.config/uzbl/config.name

Y listo.

#
# === Keyboard bindings ======================================================

# With this command you can enter in any command at runtime when prefixed with
# a colon.
#@cbind    :_        = %s

# --- Page movement binds ---
#@cbind  j            = scroll vertical 20
#@cbind  k            = scroll vertical -20
#@cbind  h            = scroll horizontal -20
#@cbind  l            = scroll horizontal 20
#@cbind  <Page_Up>    = scroll vertical -100%
#@cbind  <Page_Down>  = scroll vertical 100%
#@cbind  <<           = scroll vertical begin
#@cbind  >>           = scroll vertical end
#@cbind  ^            = scroll horizontal begin
#@cbind  $            = scroll horizontal end
#@cbind  <Space>      = scroll vertical end

# Para que espacio avance por pantallas y no salte al final de la página
@cbind  <Space>      = scroll vertical 100%

# --- Navigation binds ---
#@cbind  b   = back
#@cbind  m   = forward
#@cbind  S   = stop
#@cbind  r   = reload
#@cbind  R   = reload_ign_cache

# --- Zoom binds ---
#@cbind  +   = zoom_in
#@cbind  -   = zoom_out
#@cbind  T   = toggle_zoom_type
#@cbind  1   = set zoom_level = 1.0
#@cbind  2   = set zoom_level = 2.0

# --- Appearance binds ---
#@cbind  t   = toggle_status

# --- Page searching binds ---
#@cbind  /*  = search %s
#@cbind  ?*  = search_reverse %s
# Jump to next and previous items
#@cbind  n   = search
#@cbind  N   = search_reverse

# Para que al abrir una nueva página no vuelva a abrir la web de Uzbl, sino una en blanco
@cbind  w            = event REQ_NEW_WINDOW about:blank

# Para abrir mi página local con enlaces con el atajo 'ga'
@cbind  ga = uri file:///home/ama/.config/uzbl/ama.html

# --- Web searching binds ---
@cbind gg<Google:>_         = uri http://www.google.com/search?q=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\awiki<Archwiki:>_  = uri http://wiki.archlinux.org/index.php/Special:Search?search=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\wiki<Wikipedia:>_=uri http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Special:Search&search=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\wike<Wikipedia:>_=uri http://es.wikipedia.org/w/index.php?title=Special:Search&search=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\aweb<AllTheWeb:>_  = uri http://www.alltheweb.com/q=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\arc<Archive.org:>_  = uri http://www.archive.org/search.php?query=\@<encodeURIComponent(%r)>\@&go=Go
@cbind \\dic<dictionary.com:>_  = uri http://www.dictionary.com/browse/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\abbr<abbreviations.com:>_  = uri http://www.abbreviations.com/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\ext<filext.com:>_  = uri http://filext.com/file-extension/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\dthes<thesaurus.com:>_  = uri http://thesaurus.com/browse/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\aurb<urbandictionary:>_  = uri http://www.urbandictionary.com/define.php?term=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\cald<CALD:>_  = uri http://dictionary.cambridge.org/search/british/?q=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\def<Definitions.net:>_  = uri http://www.definitions.net/definition/\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\drae<DRAE:>_  = uri http://buscon.rae.es/draeI/SrvltConsulta?TIPO_BUS=3&LEMA=\@<encodeURIComponent(%r)>\@
@cbind \\abio<b10:>_  = uri http://bioinfo10.ugr.es:4080/\@
@cbind \\clave<clave:>_ = uri http://clave.librosvivos.net/\@
@cbind \\conj<Conjugate:>_ = uri http://www.wordreference.com/conj/ESverbs.asp?v=\@<encodeURIComponent(%r)>\@

# --- article_queue binds ---

@cbind    qpu             = spawn @scripts_dir/article_queue.py push
@cbind    qpo             = spawn @scripts_dir/article_queue.py pop
@cbind    qp _            = spawn @scripts_dir/article_queue.py pop %s
@cbind    qap             = spawn @scripts_dir/article_queue.py append
@cbind    qsh             = spawn @scripts_dir/article_queue.py shift
@cbind    q>              = spawn @scripts_dir/article_queue.py forward
@cbind    qx              = spawn @scripts_dir/article_queue.py forward
@cbind    q<              = spawn @scripts_dir/article_queue.py back
@cbind    qz              = spawn @scripts_dir/article_queue.py back
@cbind    ql              = spawn @scripts_dir/article_queue.py list

@cbind    del         = js javascript:(function(){f='http://delicious.com/save?url='+encodeURIComponent(window.location.href)+'&title='+encodeURIComponent(document.title)+'&v=5&';a=function(){if(!window.open(f+'noui=1&jump=doclose','deliciousuiv5','location=yes,links=no,scrollbars=no,toolbar=no,width=550,height=550'))location.href=f+'jump=yes'};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent)){setTimeout(a,0)}else{a()}})();

# === Post-load misc commands  ===============================================

# Set the "home" page. Cambiada a mi página local de enlaces.
set uri = file:///home/ama/.config/uzbl/ama.html

UZBL: Un navegador web vimeado

Desde hace un tiempo Ángel Martín viene hablándome de un navegador que actualmente se está desarrollando y se llama UZBL. Además de su ligereza, destaca un modo comando y otro inserción inspirado en el editor Vim.

Instalación

Para instalarlo en Ubuntu en la wiki del proyecto recomiendan compilar el código fuente, para lo cual has de seguir los siguientes pasos.

1. Instala git y las dependencias de uzbl:

$ sudo apt-get install git git-core libwebkit-dev

2. Descarga uzbl de git:

$ git clone git://github.com/Dieterbe/uzbl.git

3. Compila e instala uzbl:

$ cd uzbl
$ make
$ sudo make install

4. Instala las dependencias de los scripts de ejemplo:

$ sudo apt-get install socat dwm-tools zenity xclip python-gtk2-dev

5. Lanza uzbl:

$ uzbl-tabbed

o, también:

$ uzbl-browser

Y ya podemos disfrutar de este genial navegador.

Comandos (keybindings)

Estos son algunos de los comandos básicos de UZBL. Mis favoritos son fl y gg

Navegación

o         = introducir uri
O         = editar uri
b         = atrás
m         = adelante
S         = parar
r         = refrescar
R         = refrescar ignorando el caché
fl        = aparece un número en cada enlace. Escribe el número para dirigirte a él.
gh        = inicio

Movimiento en la página

j         = arriba
k         = abajo
h         = izquierda
l         = derecha
RePág    = página arriba
ctrl+b    = página arriba
AvPág     = página abajo
ctrl+f    = página abajo
Inicio    = principio vertical de la página
<<        = principio vertical de la página
Fin       = final vertical de la página
>>        = final vertical de la página
Espacio   = final vertical de la página
^         = principio horizontal de la página
$         = final horizontal de la página
/         = buscar hacia adelante
?         = buscar hacia atrás
n         = repetir búsqueda hacia adelante
N         = repetir búsqueda hacia atrás

Zoom

+         = agrandar
-         = achicar
T         = modo zoom
1         = fijar nivel de zoom en 1
2         = fijar nivel de zoom en 2

Búsqueda

ddg       = buscar en DuckDuckGo
gg        = buscar en Google
\wiki     = buscar en Wikipedia

Insertar  texto

i         = modo inserción   (Esc te devuelve al modo comando como Vim)
fi        = ir al primer campo y activar modo inserción

Marcadores e Historial

B         = insertar marcador (los marcadores se guardan en ~/.local/share/uzbl/bookmarks)
U         = cargar url del historial via dmenu
u         = cargar url de los marcadores via dmenu

Pestañas (cuando se usa uzbl-tabbed)

go        = cargar uri en una pestaña uueva
gt        = ir a la pestaña siquiente
gT        = ir a la pestaña anterior
gn        = abrir pestaña nueva
gi+n      = ir a la pestaña "n"

Otros

t         = mostrar/ocultar barra de estado
w         = abrir nueva ventana
ZZ        = salir
:         = introducir comando
Esc       = volver al modo comando
ctrl+[    = volver al modo comando

Más información | Wiki Archlinux

Instalar LAMP (Linux Apache MySQL PHP) en Ubuntu 11.04

Fuente: LinuxHispano

Para instalar LAMP (Linux Apache MySQL PHP) muchos de vosotros usaríais el selector de paquetes por tareas del gestor de paquetes Synaptic, pero en esta versión de Ubuntu y en la anterior no existe el paquete, así que tendremos que instalarlo manualmente.

La tarea, al igual que en el caso que os mencionaba antes, es bien sencilla, desde la terminal, instalamos el paquete tasksel, el mismo que utiliza Synaptic internamente para realizar esta tarea:

$ sudo apt-get install tasksel

Ahora lanzamos la herramienta, ya sea directamente desde la misma terminal o a través de Synaptic, aquí lo veremos con la primera opción que es más directa:

$ sudo tasksel

Seleccionamos la tarea LAMP, que se encargará automáticamente de instalarnos todos los paquetes y dependencias necesarias y luego nos solicitará un contraseña para el administrador de la base de datos.

Una vez terminada la instalación, vamos a comprobar que todo funciona como esperamos, así que crearemos un fichero test.php en el directorio /var/www/, donde por defecto se encuentra nuestra web.

Cambiamos los permisos del directorio,

$ cd /var/www/
$ sudo chown -R ahornero

y creamos el fichero test.php incluyendo la siguiente línea,

$ nano test.php

Finalmente, reiniciamos el servidor Web

$ sudo /etc/init.d/apache2  restart

¡Y terminamos! Al entrar en la dirección http://localhost/test.php nos saldrá una página de prueba.

Prueba Ubuntu 11.04 online

A escasos 2 días para el lanzamiento de la versión final de Ubuntu 11.04, Canonical ha puesto en marca un servicio para poder probarla durante 15 minutos sin necesidad de instalarla en local. Únicamente hay que registrarse gratuitamente o utilizar usuario y contraseña de Ubuntu One.

Para acceder al servicio | try-ubuntu-beta.ec42.net

Visto en | LinuxHispano