Instalar Biopython: Python para bioinformatiquillos

Biopython es un proyecto que provee de módulos y funciones útiles para los programadores de Python que trabajan con bioinformática.

Está disponible en los repositorios de Ubuntu, aunque a mí personalmente no se sirvió con un simple apt-get, por lo que decidí intentar compilar para no complicarme y tener la última versión. Además en la web de Biopython existe un manual de instalación bastante sencillo, que voy a resumir.

Primeramente, instalamos Python (si no lo tenemos instalado) con apt-get. Seguidamente, descargamos el código fuente de la dependencia mxTextTools. Descomprimimos, abrimos un terminal en la carpeta obtenida y tecleamos:

python setup.py build

y después:
sudo python setup.py install

La otra dependencia que debemos instalar es Numerical Python de la misma manera que la anterior.
Podemos instalar otras dependencias que no son prescindibles como ReportLab.

Después descargamos el código fuente, ahora sí, de Biopython y realizamos el mismo proceso.

Para comprobar que la instalación ha sido un éxito, en un terminal tecleamos ‘python’ y una vez cargado escribimos lo que está delante de >>>:

$ python
Python 2.4 (#1, Dec 5 2004, 20:47:03)
[GCC 3.3.3] on cygwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet.IUPAC import unambiguous_dna
>>> new_seq = Seq(’GATCAGAAG’, unambiguous_dna)
>>> new_seq[0:2]
Seq(’GA’, IUPACUnambiguousDNA())
>>> from Bio import Translate
>>> translator = Translate.unambiguous_dna_by_name["Standard"]
>>> translator.translate(new_seq)
Seq(’DQK’, HasStopCodon(IUPACProtein(), ’*’))
>>>

Si no aparece ningún mesage de error, lo hemos hecho bien y podemos disfrutar de Biopython.

Web del proyecto Biopython
Manuales: Documentación

Jabber en linux: la alternativa al messenger

Si alguien que me conozca se anima a probarlo, que avise…

Fuente: LaMáquinaDiferencial

Muchos recién llegados a Linux se quejan de que los Messenger de Linux son peores que el MSN de Windows. Antes de poder decir esto tranquilamente, debemos saber qué es Jabber y cuál es su función en Linux.

Al igual que Messenger utiliza servidores de Microsoft y un protocolo cerrado de la misma compañía, y Yahoo hace lo mismo con su messenger, existe un protocolo de mensajería instantánea libre, público y abierto, con decenas de clientes en todas las plataformas llamado Jabber.

Jabber tiene las siguientes ventajas con respecto a los messenger propietarios como MSN, Yahoo o AOL:

- Cualquier persona puede diseñar su cliente, ya que las especificaciones del protocolo son públicas. Esto evita muchos fallos que los clones tienen al implementar el protocolo sin tener la especificación. Tampoco los clones han conseguido todavía clonar la videoconferencia.

- Los servidores Jabber son públicos, tú mismo podrías añadir un servidor Jabber a la red, esto garantiza la sostenibilidad de protocolo.

- Jabber puede ser utilizado por otras aplicaciones distintas a la mensajería o incluso por juegos que requieran cierta comunicación.

Toda la libertad que nos ofrece Linux al utilizar formatos libres y herramientas libres, la tenemos también en el messenger con Jabber. Así, ya no dependemos de que el servidor de Microsoft esté colapsado, se dedique a rechazar conexiones de los que detecta son clones, o simplemente no pare de añadir características y cambios en el protocolo para que la gente se actualice, añadiendo problemas a otras aplicaciones que simplemente quieren comunicarse con las personas que utilizan la red. Para decir basta ya a este abuso por parte de los messenger propietarios, debemos defender y promocionar Jabber, un protocolo maduro y sólido, con decenas de clientes en todas las plataformas, mucho más rápido que MSN y Yahoo, y con algunos clientes realmente sorprendentes.

Si quieres probar un cliente, te recomiendo empieces con Gajim. Recién lo abres aparece una ventana austera sin contactos y parece un poco deprimente, pero nada más lejos. Convence a algún amigo para probar el protocolo juntos, una vez os tengás agregados y comencéis a hablar vais a ver la cantidad de cosas nuevas que incorpora. Enter las nuevas características que más me gustan son:

- No hay molestos iconos con sonido que asustan a cualquiera y que al cabo de poco ya te los conoces todos.
- El corrector ortográfico en tiempo real es la bomba.
- La forma de utilizar los avatares en pequeño, que se agrandan al pasar el ratón por encima.
- La forma de programar los mensajes automáticos y el cambio de estado automático.
- La forma de avisar de los nuevos mensajes, no intrusiva.
- La forma de manejar distintas ventanas simultáneas.
- La posibilidad de cambiar los iconos de avisos, en caso que estemos acostumbrados a otros de otras aplicaciones.

Una verdadera delicia de velocidad de respuesta, capacidad de conversación y usabilidad al utilizar la red Jabber con el cliente Gajim. De todos modos, os dejo la lista de todos los clientes Jabber que hay en Linux, incluídos los multiplataforma para que encontréis vuestro cliente favorito:

• Psi (Muy recomendado también, para KDE) *
• Gajim (Nuestro cliente Jabber favorito para Gnome escrito en PyGTK) *
• Cjc (modo texto)
• Cabber (modo texto) *
• Coccinella (Añade pizarra compartida, también recomendado) *
• ECF
• FreeTalk (modo texto)*
• Gossip (otro de los recomendados, un poco más austero que Gajim) *
• irssi-jabber
• irssi-xmpp
• Jabbim
• Jabbin (Fork de PSI)
• JabberEl
• JBother
• Jeti
• Linq
• MCabber (modo texto) *
• Spark
• SpiceBird
• Tkabber (cliente Jabber basado en Tcl/Tk) *
• Wija

* Incluídos en los repositorios de ubuntu

Multiprotocolo:

• Pidgin (nuesra recomendación multiprotocolo para Gnome, muy completo) *
• Kopete (nuestra recomendación multiprotocolo para KDE) *
• Bitlbee (modo texto)
• Banter
• BuddySpace
• CenterIcq (modo texto)
• CenterIm (modo texto) *
• Digsby
• Empathy
• Ereseva
• Fama-im (modo texto)
• Finch (modo texto) *
• landell (Jabber, SIP)
• Qnext
• Simple Instant Messenger (SIM)
• SIP Communicator
• WengoPhone (libPurple, SIP)(excelente apariencia, muy completo interfaz gráfico y funciones, aunque inestable en nuestras pruebas)

Si aún con todo esto no puedes vivir si el Messenger, debes probar aMSN * y emesene *, los dos mejores clientes de la red MSN para Linux.

* Incluídos en los repositorios de ubuntu.

Descárgate Firefox 3 para entrar en el libro Guinness

Acaba de lanzarse la versión definitiva del grandísimo explorador Firefox 3.

Una de las iniciativas que se han organizado para promocionar este lanzamiento ha sido convocar a todos los internautas a un “Download Day” para conseguir el record Guinness del mayor número de descargas en 24 horas.
El plazo termina mañana miércoles 18 a las 19:00 hora española.

Para descargalo pinchad aquí, sirve para cualquier plataforma.

Crear imágnes ISO de CD/DVD/HDD desde consola

Fuente: UbuntuLife

Buen tip que leo en s3v3n liv3s

Si queremos crear una imagen de un CD, DVD o HDD desde consola, ejecutamos:

dd if=/dev/dvd of=dvd.iso # para dvd
dd if=/dev/cdrom of=cd.iso # para cdrom
dd if=/dev/scd0 of=cd.iso # si el cdrom es scsi

Todo ello se basa en el uso de el comando “dd” que sirve para copiar bloques de datos entre un origen y un destino. if indicaria el origen, of indicaria el destino. Si no indicas una ruta en el destino, te coge el directorio actual.

Si en cambio lo que quisieramos es crear una imagen .iso de un conjunto de carpetas, ejecutariamos:
mkisofs -r -J -o directorio_imagen directoria_a_copiar. Por ejemplo:

$ mkisofs -r -J -o /tmp/cd.iso /tmp/directory/

Nos crearia en /tmp un fichero cd.iso con el contenido de /tmp/directory

Nota: HDD se refiere al disco duro, Hard disk drive.

Gnome-Do 0.5: Lanzador de aplicaciones

Acaba de salir una nueva versión de Gnome-Do, ese lanzador de aplicaciones tan práctico.
En ThinkUbuntu han hecho una exposición de las principales novedades de la última versión.

Descargar:

• gnome-do_0.5.0.1-0~ppa1~hardy_amd64.deb (91.1 KiB)

• gnome-do_0.5.0.1-0~ppa1~hardy_i386.deb (90.0 KiB)

JDownloader: Gestor de descargas para Rapidshare y MegaUpload

Fuente: UbuntuLife

Antes para descargar mis ficheros de MegaUpload estaba usando Rapget, que es una aplicacion para Windows pero que podemos hacer funcionar en Linux mediante wine. Estas aplicaciones te facilitan mucho la vida porque solo has de pegar los enlaces y no tienes que estar pendiente de estar delante del ordenador cuando acaba una descarga para poder introducir los valores numericos del captcha. El captcha es esa validacion que estos sitios te suelen pedir para continuar con la descarga. Pues bien con Rapget no es necesario introducir estos valores para MegaUpload, el se encarga por ti.
Sin embargo como Rapget es una aplicacion para Windows, me puse a buscar una alternativa para Linux y la he encontrado en JDownloader.
JDownloader es un gestor de descargas para Rapidshare, MegaUpload y sitios similares que posee un algoritmo de reconocimiento automatico del captcha, con lo que permite la automatizacion de las descargas.
Aviso antes de que me pregunteis, me funciona bien con Megaupload, pero con Rapidshare te obliga a introducir la informacion de los gatitos (captcha), supongo que esta limitacion se salta si eres usuario Premium.
Para ejecutar JDownloader requiere que tengas instalado Java en tu maquina. Te descargas el fichero y lo ejecutas con:

$ java -jar JDownloader.jar

La primera vez se conectara al sitio web para descargarse unos ficheros adicionales, Despues ya podras pegar enlaces desde el portapapeles y esperar a que vayan descargandose.

Enlace | JDownloader

Ubuntu for…: Wallpapers para la comunidad

Ayer mi colega, mentor, físico de cabecera, compañero (y no sé qué más) Jose me mandó unos wallpapers que hizo con Gimp en un rato de aburrimiento. Como le gustan a él: “minimalistas” y “cómodos”.
Aquí los dejo para que os los descargéis. Mi preferido es Ubuntu for Science, no sé por qué.

Ubuntu for Friends

Ubuntu for Home

Ubuntu for Me

Ubuntu for Science

Font Instaler: instala fácilmenta fuentes de texto

Fuente: UbuntuLife

Font Installer es un script para Nautilus que nos permite instalar rapidamente cualquier fuente de texto en nuestro sistema.

Para instalarlo: descargas el fichero, lo descomprimes y copias el script en tu directorio
/home/yourusername/.gnome2/nautilus-script

Yo he preferido renombrarlo como “Instalador” en vez de “Instalador de Tipografias”
No te olvides de darle permisos de ejecucion. Desde la carpeta nautilus-script ejecuta:

$ chmod +x Instalador

A partir de ahora puedes seleccionar la fuente o fuentes de texto que quieras instalar (puedes seleccionar varias) y con click derecho seleccionar del menu emergente la opcion “Scripts > Instalador”, de manera que esas fuentes de texto se instalaran de manera automatica.

Nota: es importante que los nombres de las fuentes de texto y directorios donde se encuentren no tengan espacios en blanco, en este caso no se instalaran. Ejemplo “Shadow Text.ttf” no se instalara, “ShadowText.ttf”, si.

Puppy Linux 4: una distribución ligera

Fuente: EricLinux
Puppy Linux la distribución GNU/Linux minimalista que es ideal para ser usada en equipos modestos y que fue pionera en permitir guardar los cambios realizados en el propio live CD acaba de ser actualizada presentando la versión 4.

Sus principales características son:

• fácil de instalar en USB, Zip o en un disco duro;
• apariencia moderna y atractiva;
• bootea desde un CD/DVD y memorias USB;
• velocidad de booteo rápida;
• incorpora las aplicaciones para uso diario;
• incorpora soporte para dispositivos como escáneres y cámaras digitales;
• adopta GTK+ 2.0;
• carga y correo totalmente en memoria para estaciones sin discos.

Sitio oficial: www.puppylinux.com

Sitio de la comunidad: www.puppylinux.org

Descargar: Puppy Linux

Documentación: Puppy Linux

Vía: Viva Linux

OpenOffice 1 – Olga 0

La suite OpenOffice está muy bien, pero mi nivel de meticulosidad me hace abrazar otras alternativas más específicas y con resultados más profesionales como son LyX (para textos y presentaciones) y GNUmeric (para hojas de cálculo). A pesar de ello, nunca rechazo ayudar a los que usan software libre, ni mucho menos a los amigos.

El viernes Olga me comentó que la barras de tareas de OpenOffice le resultaba molestamente grande y quería hacerla más pequeña. Entonces, haciendo alarde de frikismo, le comenté que seguro que tenía arreglo que en el peor de los casos en la carpeta .OpenOffice del directorio personal habría un archivo de configuración en el que en lugar de poner 100, pusieramos 50.

Pero googleando un par de minutos di con una solución mucho más sencilla. En Herramientas–> Opciones y dentro de la opción “Ver” podemos cambiar tanto el tamaño de los iconos como el tema de los mismos. Además en este menú opciones hay muchos otros parámetros de configuración interesantes, los cuales os aconsejo observar si usáis la suite.

Porque el software libre puede ser maravilloso…