Archivo de Autores para Paquillo Dubois



07
ene
12

Así ha ido el 2011 en Un Bioinformatiquillo


Los duendes de las estadísticas de WordPress.com prepararon un informe sobre el año 2011 de este blog.

Aquí hay un extracto:

El Museo del Louvre tiene 8.5 millones de visitantes por año. Este blog fue visto cerca de 230.000 veces en 2011. Si fuese una exposición en el Museo del Louvre, se precisarían alrededor de 10 días para que toda esa gente la visitase.

Haz click para ver el reporte completo.

26
dic
11

Villancico linuxero


Disfrutad de este villancico que describe con maestría los pensamiento sobre su sistema operativo de cualquier usuario de GNU/Linux.

Vía | TuxApuntes

05
nov
11

Material para el Taller de Gestión Bibliográfica, II Curso de Técnicas Básicas de Investigación en Biología Ambiental


En la Facultad de Ciencias de la UGR del 7 al 11 de Noviembre va a tener lugar la segunda edición del Curso de Técnicas Básicas de Investigación en Biología Ambiental. Me han pedido impartir el primer taller que tratará de herramientas de gestión bibliográfica como suplente y, claro, tengo el defecto de no saber decir que no.

Juan Diego me indicó que sería interesante preparar algún contenido de apoyo a los asistentes al taller. A continuación, propongo una serie de herramientas interesantes para la gestión bibliográfica.

Acceso externo a la red de la UGR mediante VPN:

Buscadores de bibliografía:

Gestores de bibliografía

  • Zotero: extensión de Firefox para crear bases de datos a través de la web.
  • JabRef: gestor de bases de datos bibliográficas
  • Mendeley: crea bases de datos a partir de PDF

Integración de Zotero con editores de documentos:

———————————————————————————

ACTUALIZACIÓN 7/11/2011:

Presentación PDF

04
nov
11

Post número 1500 de Bioinformatiquillo y Ya van más de 6000 descargas del Manual LyX con “L” de LaTeX


Quién me lo iba a decir cuando el 27 de Julio de 2007 abriera este blog gracias a una idea de Rafa, más conocido como Palote, para crear un espacio donde incluir anotaciones útiles para mis comienzos como usuario de GNU/Linux y, ya de paso, que estuvieran accesibles para cualquier persona del mundo. Y más de cuatro años después aún sigue, pasando ahora una etapa de bajo número de publicaciones, pero aún vivo, divulgando y fomentando las bondades del software libre.

Y, además, este post celebra la descarga número 6000 del manual LyX con “L” de LaTeX desde el propio blog, el contenido que tiene más éxito en blog y tema en el que sin quererlo se ha convertido en una referencia para muchos usuarios. Atrás quedan muchos post, una entrevista, algún meneo, charlas, correo electrónicos y, muchas cosas que llegarán.

Por todo esto y mucho más, agradecer a todos los que os encontráis al otro lado del ordenador por todo el apoyo que recibo por mantener este blog.

25
oct
11

Taller de presentaciones con LaTeX-Beamer en la ETSIIT UGR (II)


Aquí dejo algunos recursos útiles para la gente que quiera asistir al taller de LaTeX-Beamer que hoy se celebrará a las 11:00 en el aula 1.3 de la ETSIIT de Granada.

Para poder compilar el código fuente que generemos durante la charla, es necesario tener instalada una distribución LaTeX (en GNU/Linux se instala automáticamente al instalar un editor LaTeX como LyX o Kile) asegurándonos de que tenemos el paquete LaTeX-Beamer; y un editor de LaTeX.

———————————————–

ACTUALIZACIÓN 28/10/2011

Aquí dejo el tex editado

Y la salida en pdf.

22
oct
11

Ejecutando código R con Sweave en LyX 2.0


El progreso de LyX es imparable. Una de las novedades que trae la nueva versión 2.0 de es el soporte integrado de Sweave para ejecutar código R. Para versiones 1.6 o inferiores, así era la configuración. Sin embargo, ahora se ha facilitado mucho el procedimiento.

Si tenemos instalado R, abrimos LyX 2.0 y nos vamos a Documento >> Configuración >> Módulos >> Disponibles y añadimos el módulo “Sweave”. Aceptamos y en el menú de entornos tenemos al final uno denominado “Trozo” englobado en el tipo Sweave. Bajo este entorno escribiremos el código R/Sweave deseado y al compilarlo se insertará en nuestra salida PDF.

¿Ya está? Pues no os dije que era más fácil. Aquí dejo un ejemplo en formato LyX 2.0 (debéis cambiar la extensión de odt a lyx) y en PDF.

 

 

21
oct
11

Ubuntu 11.10 “Oneric Ocelot” liberado


De nuevo, tras los 6 meses de rigor, tenemos una nueva versión de Ubuntu.

Aunque un poco tarde en este post recopilo enlaces interesantes para acostumbrarnos lo mejor y más rápidamente posible a las novedades que trae consigo.

Vídeo: ¿Qué hace a Ubuntu 11.10 interesante?

Vídeo: Instalación de Ubuntu 11.10

11
oct
11

Hoy taller LyX en la ETSIIT de la UGR (IV)


En esta ocasión será a las 11:00 en el aula 1.3 de la ETSIIT (UGR), hoy martes 11 de Octubre. Va a ser bastante práctico, por lo que puede ser de utilidad este material.

Os espero.

29
sep
11

Pdf-Presenter-Console: Visor de pdf para presentaciones


Esta aplicación hará las delicias de los que tengan que mostrar una presentación en PDF. Se llama Pdf-Presenter-Console y, en el caso de que el ordenador detecte dos pantallas, en la de nuestro en una de ellas mostrará la presentación tal cual, sin embargo, en otra mostrará la diapositiva actual, la siguiente, un cronómetro con el tiempo restante y las diapositivas que quedan para terminar.

Se encuentra en los repositorios de versiones de Ubuntu superiores a 10.04, pero si queremos instalarlo en dicha versión, debemos compilarlo.

En primer lugar, se instalan los compiladores necesarios:

$ sudo aptitude install valac libpoppler-glib-dev

Descargamos el código fuente desde la web del proyecto. Creamos una carpeta “build” entramos en ella, compilamos e instalamos:

$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make
$ sudo make install

Y ahora deberíamos tener instalada la aplicación. Para invocarla se puede hacer desde consola o añadiendo el comando en las propiedades de los ficheros pdf en Nautilus.

Genial aplicación. No me la tiro porque es físicamente imposible :P .

16
sep
11

Compilando r8s en Ubuntu 8.04


No te preocupes, no has retrocedido 3 años en el tiempo. Este tutorial sirve para compilar un software de datación de filogenias llamado r8s. Hay que decir que la última versión 1.71 fue lanzada como en 2006 y que los compiladores que requiere están obsoletos y no se encuentran para versiones recientes, al menos, para Debian/Ubuntu. Por este motivo, probé a compilar en una versión antigua de Ubuntu, la 8.04 LTS “Hardy Heron”. Me bajé la imagen ISO de la distribución y la instalé en VirtualBox. Una vez dentro de Ubuntu 8.04 me descargué el código de r8s v1.71. Con esto sobre el escritorio, comienza el manual:

1. Instalar el paquete “atool” y descomprimir el fichero:

$ sudo aptitude install atool

$ aunpack r8s1.7.dist.tar.Z

2. Instalamos compiladores de Fortran. No sé cuáles de ellos son estrictamente necesarios, en mi caso instalé los siguientes paquetes:

$ sudo aptitude install libg2c0-dev cfortran fortran77-compiler fortran95-compiler g77

3. En la carpeta que anteriormente descomprimimos, nos dirigimos a el subdirectorio “src” y compilamos:

$ cd r8s1.71/src

$ make

Si no da ningún mensaje de error, debería de estar compilado. Para comprobar que el proceso ha transcurrido correctamente, podemos ejecutar r8s:

$ ./r8s

Y debería de aparecernos un prompt consistente en “r8s>”.

Bueno, ahora queda entender cómo funciona. pero eso ya será en otro episodio.




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