Instalar Biopython: Python para bioinformatiquillos

Biopython es un proyecto que provee de módulos y funciones útiles para los programadores de Python que trabajan con bioinformática.

Está disponible en los repositorios de Ubuntu, aunque a mí personalmente no se sirvió con un simple apt-get, por lo que decidí intentar compilar para no complicarme y tener la última versión. Además en la web de Biopython existe un manual de instalación bastante sencillo, que voy a resumir.

Primeramente, instalamos Python (si no lo tenemos instalado) con apt-get. Seguidamente, descargamos el código fuente de la dependencia mxTextTools. Descomprimimos, abrimos un terminal en la carpeta obtenida y tecleamos:

python setup.py build

y después:
sudo python setup.py install

La otra dependencia que debemos instalar es Numerical Python de la misma manera que la anterior.
Podemos instalar otras dependencias que no son prescindibles como ReportLab.

Después descargamos el código fuente, ahora sí, de Biopython y realizamos el mismo proceso.

Para comprobar que la instalación ha sido un éxito, en un terminal tecleamos ‘python’ y una vez cargado escribimos lo que está delante de >>>:

$ python
Python 2.4 (#1, Dec 5 2004, 20:47:03)
[GCC 3.3.3] on cygwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet.IUPAC import unambiguous_dna
>>> new_seq = Seq(’GATCAGAAG’, unambiguous_dna)
>>> new_seq[0:2]
Seq(’GA’, IUPACUnambiguousDNA())
>>> from Bio import Translate
>>> translator = Translate.unambiguous_dna_by_name["Standard"]
>>> translator.translate(new_seq)
Seq(’DQK’, HasStopCodon(IUPACProtein(), ’*’))
>>>

Si no aparece ningún mesage de error, lo hemos hecho bien y podemos disfrutar de Biopython.

Web del proyecto Biopython
Manuales: Documentación